Черная тимина: Масло черного тмина: польза и вред «золота фараонов»

Черная тимина: Масло черного тмина: польза и вред «золота фараонов»

alexxlab 09.01.1970

Содержание

Масло Тмина черного — 90 капсул по 1300 мг — Avicenna

Купить масло черного тмина

 

Масло Чёрного Тмина от Авиценна — это уникальный суперфуд, спектр его использования настолько широк, что его по праву называют «лекарством от всех болезней».

 

Интерес к маслу черного тмина не иссякает уже более 8000 лет, его можно смело назвать археологическим от- крытием XX века, так как в 1922 году оно было найдено Лордом Говардом Картером в гробницах фараона Тутанхамона и царицы Египта Нефертити. Масло черного тмина упоминается в учениях «отца медицины» Гиппократа, древнеримского медика Галена, неоспоримого авторитета в области медицины Авиценны, греческого врача Диоскоредеса и многих других. Упоминания можно найти даже в Ветхом Завете и Коране.

 

Масло Черного тмина включает в себя множество активных компонентов:

 

Тимохинон — ключевой компонент: антиоксидант и противовоспалительный препарат, который также обладает антиканцерогенными свойствами.

 

Тимогидрохинон – вещество, которое усиливает передачу нервных им- пульсов, улучшает когнитивные функции.

 

Омега-3 — комплекс полиненасыщенных жирных кислот.

 

Омега-6 – линолевая кислота, которая нормализует и ускоряет метаболизм. Запускает процесс роста мышечной массы, а также эффективна для про- филактики сахарного диабета.

 

Аминокислоты – в масле семян черного тмина есть 15 белковых соединений, из которых 8 принадлежат к группе незаменимых для человеческого организма.

 

Витамины – в основном содержатся жирорастворимые нутриенты (А, D, Е).

 

Эфирные масла (около 1,5%).

 

Микроэлементы – в масле тмина есть все важнейшие элементы (кальций, магний, фосфор, железо, цинк), которые нужны для поддержания осмотического давления и выступают в качестве коферментов многих реакций метаболизма.

Масло черного тмина | Sekoeko

Состав: 100% натуральное масло черного тмина.
INCI: nigella sativa seed oil.
Страна происхождения масла: Египет.
Сертификат: органический.
Противопоказания: возможна индивидуальная непереносимость.

Масло черного тмина – получено холодным отжимом семян Nigella sativa. Сорта virgin. Представляет собой зеленовато-коричневую жидкость с острым пряным ароматом и характерным терпким, вяжущим вкусом.

Масло черного тмина в течение многих веков популярно у женщин в качестве эффективного косметического средства. Это источник веществ, положительно влияющих на состояние кожи и волос. Масло освежает, смягчает и тонизирует кожу, улучшает ее структуру и рельеф, предохраняет от высыхания и шелушения.

Масло черного тмина нормализует секрецию сальных желез, предупреждает воспаление кожи и появление угревой сыпи.

Применение масла черного тмина наружно дает возможность улучшить циркуляцию крови и лимфы в подкожно-жировом слое и таким образом предотвратить появление целлюлита. Тминное масло повышает упругость и эластичность кожи, способствует разглаживанию морщин, устранению растяжек, часто образующихся у женщин после родов.

Масло улучшает состояние волос и кожи головы. Предотвращает развитие себореи и связанное с этим заболеванием появление перхоти, препятствует выпадению, ломкости и преждевременному поседению волос.

Масло черного тмина включают в состав кремов и масок для ухода за проблемной и жирной кожей, масок для волос, косметических средств, предназначенных для ухода за нежной кожей бюста и области декольте, очищающих средств для кожи, антицеллюлитных обертываний и массажных масел для антицеллюлитного массажа.

Поскольку действие масла черного тмина на кожу весьма интенсивно, его не рекомендуется использовать в косметических целях в чистом виде (исключением является применение масла черного тмина на небольших участках лица и тела). Рекомендуется применять это масло в смеси с другими косметическими маслами (оливковым, маслом виноградных косточек и др. ).

Тминно-оливковая маска для проблемной кожи
Смешивают 1 ч. ложку масла черного тмина с 2 ст. ложками оливкового масла, наносят смесь на кожу лица. Через 30 минут смывают маску теплой водой с мылом.

Маска для ухода за сухой кожей
Смешивают 1 ст. ложку масла черного тмина, 3 ст. ложки сметаны, 1 ст. ложку молотой корицы. Наносят смесь толстым слоем на кожу лица на 10-15 минут, затем снимают невпитавшееся масло бумажной салфеткой. Выполняют процедуру 2 раза в неделю с целью увлажнения, разглаживания и смягчения кожи лица.

Маска для ухода за жирной кожей
Смешивают 2 ст. ложки масла черного тмина, 7 капель эфирного масла можжевельника, 7 капель эфирного масла бергамота, 4 капли эфирного масла розмарина, 2 капли эфирного масла базилика. Наносят смесь на очищенную кожу лица на 15 минут. Остатки смеси удаляют с лица салфеткой.

Маска для устранения угревой сыпи и прыщей 
Смешивают 2 ч. ложки масла черного тмина, 8 капель масла лаванды и 6 капель масла чайного дерева. Наносят смесь на кожу лица на 15 минут. Также полезно смазывать проблемные участки кожи чистым, неразбавленным маслом черного тмина.

Масляная смесь для ухода за кожей рук
Смешивают 1 ч. ложку масла черного тмина, 1 ч. ложку оливкового масла и 0,5 ч. ложки масла виноградных косточек. Смазывают смесью кисти и в течение нескольких минут слегка массируют их, а через 10 минут остатки удаляют салфеткой.

Антицеллюлитное обертывание
Смешивают 3 ст. ложки масла черного тмина, 3 ст. ложки молотых кофейных зерен и 2 ст. ложки масла зародышей пшеницы. Проводят обертывание после применения скраба, используя для покрытия кожи полиэтиленовую пленку. Это дает возможность избавиться от отечности, повышает упругость кожи, способствует эффективному рассасыванию целлюлита, помогает предотвратить варикозное расширение вен.

Укрепляющая маска для выпадающих волос
Смешивают масло черного тмина и оливковое масло (1:1). Наносят маску на волосы, интенсивно массируя кожу головы. Через 15 минут волосы промывают шампунем. Выполнять процедуру 3 раза в неделю.

Маска для сухих и поврежденных волос
Смешивают 1 ст. ложку масла черного тмина, 1 ст. ложку оливкового масла и 1 ст. ложку 20%-ной сметаны. Наносят на волосы и оставляют на 30 минут, после чего смывают теплой водой. Это возвращает волосам блеск, гладкость, шелковистость, а также устраняет рассеченность кончиков волос.

Масла, уксусы в широком ассортименте

Выбор других городов:

— Выберите —Tallinna linnTartu linnNarva linnPärnu linnKohtla-Järve linnViljandi linnRakvere linnMaardu linnSillamäe linnVõru linnAakaru valdAbja valdAbja-PaluojaAbja-Vanamõisa valdAdra valdAegviidu valdAhaste valdAhja valdAhtmeAlajõe valdAlatskivi valdAlbu valdAlutaguse valdAmbla valdAndineeme valdAnija valdAntsla linnAntsla valdAovere valdAre valdArukülaAruvälja valdAseri valdAudru valdAvinurme valdEametsa valdEisma valdElva linnElva valdEmmaste valdHäädemeeste valdHaage valdHaanja valdHaapsalu linnHaapse valdHaaslava valdHalinga valdHaljala valdHaljava valdHalliste valdHanila valdHarku valdHelme valdHerjava valdHiiu valdHiiumaa valdHummuli valdIisaku valdIlli valdIlluka valdIllurma valdImavere valdIntsu valdJägala-Joa valdJärva valdJärva-Jaani valdJärvakandi valdJõelähtme valdJõesuu valdJõgeva linnJõgeva valdJõhvi linnJõhvi valdJüri valdJuuliku valdJuuru valdKaarma valdKaasiku valdKabila valdKabina valdKadrina valdKäesalu valdKäina valdKaiu valdKallaste linnKambja valdKanepi valdKärdla linnKareda valdKarksi valdKarksi-NuiaKärla valdKäru valdKarula valdKasemetsa valdKasepää valdKastre valdKatase valdKehraKehtna valdKeila linnKeila valdKeila-Joa valdKernu valdKibuna valdKihelkonna valdKihlepa valdKihnu valdKiili valdKiisa valdKilingi-Nõmme linnKilksama valdKirumpää valdKiuma valdKiviõli linnKloogaranna valdKoeru valdKohila valdKohtla valdKohtla-Nõmme valdKoigi valdKolga-Jaani valdKõlleste valdKolu valdKonguta valdKõo valdKoonga valdKoppelmaa valdKõpu valdKõrgessaare valdKõrsa valdKose valdKõue valdKrei valdKriimani valdKudjapeKülitse valdKullamaa valdKulli valdKumna valdKunda linnKunda valdKurepalu valdKuressaare linnKurtna valdKuusalu valdLaadi valdLaagriLääne-Harju valdLääne-Nigula valdLääneranna valdLääne-Saare valdLaekvere valdLaeva valdLaheda valdLaiakülaLaimjala valdLaitse valdLasva valdLaukna valdLaulasmaa valdLavassaare valdLeesi valdLehmjaLeisi valdLemmetsa valdLevala valdLihula linnLihula valdLindi valdLohusalu valdLohusuu valdLoksa linnLooLüganuse valdLümanda valdLuunja valdMäeküla valdMäetaguse valdMaidla valdMajaka valdMäksa valdMammaste valdMänniku valdMärjamaa valdMartna valdMeegomäe valdMeeksi valdMeeri valdMeremäe valdMetsaääre valdMetsanurme valdMikitamäe valdMisso valdMõisaküla linnMõniste valdMooste valdMuhu valdMulgi valdMuraste valdMustjala valdMustlaMustvee linnMustvee valdNarva-Jõesuu linnNavi valdNeemisküla valdNissi valdNoarootsi valdNõo valdNõuni valdNõva valdOomiste valdOrava valdOrissaare valdOrjaku valdOru valdÕru valdOtepää linnOtepää valdPadise valdPaide linnPaide valdPäidre valdPaikuse valdPaistu valdPajusi valdPala valdPalamuse valdPaldiski linnPaldiski valdPalupera valdPangodi valdPapsaare valdPäri valdPärsti valdPatika valdPeetriPeetrimõisa valdPeipsiääre valdPihtla valdPiirissaare valdPikva valdPilka valdPinska valdPirgu valdPoaka valdPõdrala valdPõhja-Pärnumaa valdPõhja-Sakala valdPohla valdPöide valdPõltsamaa linnPõltsamaa valdPõlva linnPõlva valdPühalepa valdPuhja valdPuka valdPusku valdPüssi linnPuurmani valdRaasiku valdRaavitsa valdRae valdRägavere valdRahinge valdRaikküla valdRakke valdRakvere valdRandvere valdRannamõisa valdRannu valdRäpina linnRäpina valdRapla linnRapla valdRidala valdRisti valdRõngu valdRoobuka valdRoosna-Alliku valdRõuge valdRuhnu valdRuila valdRuu valdSaarde valdSaare valdSaaremaa valdSaarepeedi valdSaku valdSalme valdSalmistu valdSangaste valdSaue linnSaue valdSauga valdSetomaa valdSindi linnSindi valdSinialliku valdSipa valdSoe valdSõitme valdSõmerpalu valdSõmeru valdSonda valdSoomra valdSõtke valdSuislepa valdSultsi valdSurju valdSuurupi valdTabara valdTabasaluTabivere valdTaebla valdTaheva valdTahkuranna valdTähtvere valdTammejärve valdTammiste valdTammneeme valdTamsalu linnTamsalu valdTänassilma valdTanska valdTapa linnTapa valdTartu valdTarvastu valdToila valdTõlliste valdTootsi valdTorgu valdTori valdTorma valdTõrremäeTõrva linnTõrva valdTõrvandiTõstamaa valdTudulinna valdTüri valdTürisalu valdTuulna valdÜksnurme valdÜlejõe valdÜlenurme valdUrumarja valdUrvaste valdUuemõisa valdUulu valdUusküla valdVääna-Jõesuu valdVäätsa valdVägeva valdVahastu valdVäike-Maarja valdVaivara valdValga linnValga valdVälgita valdValgjärve valdValjala valdValkla valdValkse valdVana-Jõgeva valdVändra (Alev) valdVansi valdVara valdVarbla valdVardi valdVärska valdVarstu valdVasalemma valdVaskjala valdVastse-Kuuste valdVastseliina valdVatsla valdVehendi valdVeibri valdVeriora valdVigala valdVihula valdViimsi valdViiratsi valdViljandi valdVinni valdViraksaare valdVirtsuVirulase valdViru-Nigula valdVissi valdViti valdVõhma linnVoika valdVõistre valdVõlsi valdVõnnu valdVormsi valdVõru valdVõrumõisa valdVõsu vald

Учитывая Ваш выбор, мы в первую очередь покажем наиболее подходящие для Вас пункты выдачи заказов и сроки доставки.

Смыслы по Корану, атмосфера по Хичкоку, музыка по-казахски: Всё о магии «масла черного тмина»

В начале прошлого года музыкант из Караганды «масло черного тмина» имел два пути развития своей творческой карьеры: выпустить релиз, напичканный  композициями в лучших традициях трека «Что для тебя красота», при этом так и не раскрыться как исполнитель, либо представить общественности авторский альбом, который будет в корне отличаться от всего выпущенного ранее и точно не понравится половине его слушателей.

Айдын выбрал второй путь, сбросил тяжёлый груз беллетристики и выпустил дебютную, очень тяжелую нуар-пластинку kensshi, которая сочится отсылками к Корану, родному краю и сюрреалистичному кино. 


Начало

Музыка и стиль МЧТ появились далеко не за одну ночь. Свои строки он точил на протяжении пяти лет, во время которых сменил две тональности и четыре никнейма.

Во ВКонтакте осталось два паблика с ранним творчеством Айдына: Dokka Rise Official Page и Dokka Rise|zulkar. 9|Itch Yes|FAN CLUB

Под первым никнеймом Dokka Rise Айдын в течение шести лет выпускал окологаражный рэп с отсылками к футболу и известным политическим лицам.

Помимо этого, он выпускал клипы: вот, допустим, доступ по ссылке на его трек «Чистосердечное», в котором он в грубой форме выражает свои мысли и недовольство в адрес девушки, сидящей напротив. Масло черного тмина ещё не растеклось по его музыке.

Но гораздо интереснее творчество его двух последних никнеймов: zulkar.9 и itch.yes. Оба служили Айдыну недолго, но они запечатлели в себе переход из «пацанского рэпа» в то, что он делает в роли «масла черного тмина». Тут и Ельцин-флоу, ставший его атрибутом позже, и тот самый нуарный вайб, которым наполнена музыка «масла». 

Активность под этими никами датируется с 2016 по 2018 годы, в это же время в хип-хопе постсоветского пространства начал активно расти интерес к клауд-рэпу. Возможно, изменения в звучании карагандинца связаны с общим трендом рэп-сцены в этот промежуток времени.

Из интересного можно отметить ремейк Айдына Нуралина на композицию Скриптонита и PHARAOH «Твоя сука», где Айдын повторяет мотивы оригинала, но уже в своей фаст-флоу подаче. 

Также мне удалось поговорить с людьми, которые были знакомы с Айдыном Нуралиным ещё задолго до появления образа «масла черного тмина».

«Да вполне себе обычный парень, который трудился и писал музыку старательно и долго. На тот момент у нас не было каких-то характерных черт, что-ли. Просто старались, просто делали. И из этого что-то выходило», — баттл-рэпер Одиннадцатый, а тогда битмейкер Hooligan, сводивший песни Айдына.

«Он разный. И вспыльчивый, и спокойный. Мог часами писать тексты и потом до победного записывать так, как ему хотелось. Не жалел сил на свои песни и всегда доводил до идеала, который ему представлялся. Особо чего-то невероятного, кроме того, что он очень хороший человек, я не могу рассказать. Мы общались и делились мыслями. Он и после того, как наша компания разошлась, интересовался здоровьем моей мамы и моими делами», — говорит девушка, которая была в близком окружении Айдына, но пожелала остаться анонимной.  

Название

Айдын говорит, что название родилось случайно.

«В один день я читал про пирамиду Маслоу, а потом увидел масло черного тмина у себя на полке дома. Понял, что само название звучит благородно. Оно и оригинальное, и несет смысл. Моя музыка лечит меня самого — как масло черного тмина».

Название и правда многое объясняет: эта музыка вязкая, обволакивающая, с почти физически уловимой текстурой. Тяжелая — не потому что давит, а потому что тут кожей чувствуешь каждый удар барабана.

Песни МЧТ витают в дымке, голос Айдына утоплен в эффектах, шумах, он будто пытается спрятаться. Здесь сложно разобрать текст, и поначалу я слушал эти песни, просто игнорируя слова, но Айдын признаётся, что для него они крайне важны.

Кадр из фильма kensshi

Ислам и kensshi

Бывшие одноклассники рассказали, что в юности Айдын был очень религиозен и читал пятикратный намаз. Интерес к религии сильно помог парню выстроить концепцию его будущего альбома.

Да, именно религию Айдын взял за основу образа «масла черного тмина» и эту идею он никогда не предавал, интегрируя её во все свои грандиозные начинания, и пластинка kensshi не стала исключением.

Кадр из клипа «спи, человек»

Всё начинается с его фейковой фамилии Закария, которую большинство считают настоящей.

На самом деле мы имеем дело не с Айдыном Закарией, а с Айдыном Нуралиным. Закария — это имя одного из исламских пророков, который был отправлен Всевышним в Израиль, чтобы тот направил израильский народ в правильное русло веры.

Следующую подсказку к гипотезе об исламе даёт нам сам Айдын, который начал промо-кампанию своего альбома именно с цитаты из Корана.

Скриншоты из паблика «масла черного тмина» ВКонтакте

Это явный пример того, как Айдын оставляет отсылку на тридцатую суру «Ар-Рум» и её 49 аят, а через два месяца сам расписывает сказанное в этом аяте. Если обратить внимания на дату второго поста, то это считаные часы до официального выхода пластинки kensshi в сеть.

Скорее всего Айдын хотел обыграть этот отрывок, будто речь в Коране идет о его дебютном альбоме. Интересный и смелый подход, однако большинство его слушателей намека так и не поняли. 

Если пройтись по самому kensshi, то и в нем укладывается десяток отсылок к священной книге мусульман. С этой стороны Айдын молодец, потому что в рэпе на русском мало кто строит свою музыку, опираясь на священные писания.

Кадр из фильма kensshi

Никто не ждал от «масла черного тмина» такого подхода к слову и формам, в корне отличающихся от того, что было на мини-альбоме agiss. Этим и объясняется то негодование и гул слушателей, чьи ожидания от альбома были параллельны с замыслом самого творца. 

«Вам бы не дали и выемки на финиковой кости» — строчка из трека oobatz. Прямая отсылка к культуре мусульман, где финик как фрукт играет первостепенную роль в пище мусульманина во время поста. Этой строчкой Айдын хотел сказать, что те, кто хотят быть выше, чем кто-то другой, не получили бы даже остатки финика. Сила божья, в его понимании, выше, чем чьи то амбиции. 

Выпуская первой экранизацию на не самую флагманскую композицию с альбома, «спи человек»,  Айдын подтверждает серьёзность своего замысла и подрывает нервы слушателя, ждавшего клипы в первую очередь на потенциальные шлягеры.

Альбом kensshi изначально не претендовал на статус «альбома года», и в этом его красота. МЧТ как был в самых недрах андеграунда, так и остался. Ему не нужна лишняя популярность, которая может пошатнуть его анонимность. Он абстрагировался от слушателя и не контактирует с ним напрямую. Для него важнее само творчество, а не коммерческие детали или мнение «верных» его музыке. 

 

«Из эссенции глины, о чём твоя песня?

Тебя поместили в надёжное место.

От капли до сгустка, кусочками плоти,

Доброе утро, спокойной ночи»

 

«спи человек» отражает в себе форму всего альбома. Это спокойный, но в тоже время напряжённый до предела нуарный мотив с нотками джаза, который шепотом раскрывает идею всего альбома и отсылает нас к строчкам из Корана. 

 

(38-я сура «Сад», 71 и 72 аяты) 

إِذْ قَالَ رَبُّكَ لِلْمَلَائِكَةِ إِنِّي خَالِقٌ بَشَرًا مِن طِين

«Вот твой Господь сказал ангелам: «Я создам человека из глины».

 

فَإِذَا سَوَّيْتُهُ وَنَفَخْتُ فِيهِ مِن رُّوحِي فَقَعُوا لَهُ سَاجِدِينَ

«Когда же Я придам ему соразмерный облик и вдохну в него от Моего духа, то падите перед ним ниц».

 


В фильме kensshi от Айсултана большой кусок материала также был отдан мотивам из Корана. К примеру, в клипе можно увидеть ремейк процесса «Таваф», означающий ритуальный обход верующими Каабы против часовой стрелки. Однако, в центре мы видим Айдына, а вокруг него полулысых подростков.

Эту сцену можно трактовать как олицетворение современного тренда на выбор идолов. Подростки, подстриженные как Айдын и обмазанные маслом черного тмина, его музыкой, готовы ради своего кумира даже на массовую драку между собой. Они его боготворят, считая новым приходом «высших сил».

Дополнить об отсылках к Корану помог материал The hasper.

Однако, при смене композиции строчки с «незаметно» говорят сами за себя:

 

«Твоё имя здесь забудут так просто

Ты останешься как будто в подписках

Ты останешься как будто в набросках

А может быть и в этой куче артистов

В толпах подростков

Но ты лишь умираешь сейчас

Умираешь сейчас, умираешь сейчас»

 

Можно сколько угодно восхищаться тем, как точно Айдын показал эту современную тенденцию на идолов через ритуал из ислама, а позже,  как бы обращаясь к самому себе, уверяет, что эти «верующие» пропадут при первой потере хайпа вокруг его музыки. 

В этом заключается идеология kensshi. Это альбом не для мимолетных фанатов, которые не понимают ничего в музыке и меняют кумиров как перчатки. 

kensshi — это то, что должно надолго запомниться и оставить свой след в музыкальной индустрии.

Казахская классика

Не отходя от фильма kensshi хочу обратить внимание на то, как бережно Айдын Нуралин относится к культуре Казахстана и интегрирует её в свое творчество. 

На первый взгляд kensshi похоже на какое-то слово из японского языка, но нет, на самом деле это казахское слово «кеншi», которое переводится как «шахтер» или «горняк». Это прямая отсылка к родному городу музыканта — Караганде, славящейся своим угольным бассейном.

В начале фильма смотрящий слышит отрывок из песни «Сагындым сенi» легендарной группы Дос-Мукасан, а в конце — песню «так за кого же болеть на этой земле», исполненную на домбре, казахском национальном инструменте. 

Дос-Мукасан — советский, казахский вокально-инструментальный ансамбль, созданный студентами Казахского политехнического института в 1967 году в Алма-Ате.

Это всё не с проста. В интервью для PORNOCAST осенью 2018 года Айдын рассказывал о том, как он восхищается казахской национальной музыкой и считает свою музыку лишь блеклой тенью того, что делали наши предки. Тогда он и делился планами, что хочет попробовать как-то добавить её в свою музыку. Через год это переросло в трек sagyndym на крайней пластинке и dombra-version «так за кого же болеть на этой земле». 

Уже после выхода пластинки Айдын записал композицию, где он в своей традиционной манере неожиданно для всех читает стих великого казахстанского поэта Мукагали Макатаева «ей, өмір» на казахском языке. Это стих поэта, который очень много страдал по поводу того, что его работы не публикуют, а годы текут со скоростью течения реки. Скорее всего, Айдын выбрал произведение Макатаева, потому что видел схожесть между своим настроением и настроением поэта.

После всего этого не остается вопросов как Айдын стал настолько обсуждаем. Это работа над собой и глубиной своего творчества.

Безусловно, «масло черного тмина» сумел показать многогранность своего творчества в альбоме kensshi, выход которого можно назвать событием года для современного казахстанского искусства. Пластинка получилась очень плотной по содержанию и богатой на свежие идеи в работе над словом. Айдын сделал правильный ход, когда вне зависимости от желания комьюнити выпустил альбом, который невозможно повторить.

«масло черного тмина» — это музыкант, за которым обязательно стоит следить в 2020 году. Он делает музыку с Хаски, про него пишет российский Esquire, а лучшие режиссеры СНГ уже записали с ним по клипу. Почему ты его ещё не слушал?

 

 

 

 

Масло черного тмина Амбрелла, 100мл

Натуральное масло черного тмина Амбрелла, 100мл

Масло черного тмина называли «Масло королей». Этот продукт знаменит своим комплексным благотворным действием на весь организм. Масло тмина обладает свойством, повышающим моторную и секреторную функции желудка. Растение используют в качестве желчегонного средства.

Масло черного тмина содержит:
— незаменимые Омега-6 и Омега-9 полиненасыщенные жирные кислоты, которые не синтезируются в организме, поэтому должны поступать с пищей. Они положительно воздействуют на структуры стенок сосудов и активно участвуют в синтезе различных гормонов, сохраняя молодость, здоровье и красоту.
Содержатся следы:
— витамина Е, А и витаминов группы В, принимающие участие во всех основных функциях организма;
— микроэлементов, необходимые для обеспечения нормальной жизнедеятельности;
— благотворные для дыхательной системы эфирные масла.

Используйте масло черного тмина в кулинарии. Масло обладает пряным ароматом и характерным терпким жгучим вкусом. Для удобства приема масло можно смешивать с медом, соком или другими продуктами, избегая нагрева.

Используйте масло черного тмина в косметологии. Издавна масло черного тмина применялось восточными красавицами для поддержания молодости и красоты кожи лица и сохранения стройной фигуры. Масло повышает упругость кожи лица и зоны декольте, способствует рассасыванию послеродовых растяжек и уменьшению проявления целлюлита. Масло черного тмина стимулирует рост волос и предотвращает преждевременное появление седины. Для усиления роста волос попробуйте добавить несколько капель масла черного тмина в Ваш шампунь и мойте голову как обычно.

Состав: масло черного тмина — 100%.

Не содержит консервантов, красителей и ароматизаторов.

Условия хранения: хранить при температуре от 0 до +25 ºС и относительной влажности воздуха не более 70%, без доступа прямых солнечных лучей.
После вскрытия потребительской упаковки масло рекомендуется хранить в прохладном и темном месте не более 3 месяцев.

Срок хранения: 24 месяца.

(Двойная спираль)

ДНК состоит из шести более мелких молекул — пятиуглеродного сахара, называемого дезоксирибозой,
молекула фосфата и четыре различных азотистых основания (аденин, тимин,
цитозин и гуанин). Используя исследования из многих источников, в том числе химические
точных моделей, Уотсон и Крик обнаружили, как эти шесть подразделений были
устроены так, чтобы составить структуру ДНК. Модель называется двойной
спираль, потому что две длинные нити закручиваются друг вокруг друга, как скрученная лестница.Поручни лестницы сделаны из чередующихся молекул сахара и фосфата.
Ступени лестницы состоят из двух оснований, соединенных между собой либо
две или три слабые водородные связи.

нуклеотидов

Основной строительный блок ДНК называется НУКЛЕОТИДОМ. Нуклеотид — это
состоит из одной молекулы сахара, одной молекулы фосфата и одной из четырех
базы. Вот структурная формула четырех нуклеотидов ДНК. Примечание
что пуриновые основания (аденин и гуанин) имеют двойную кольцевую структуру
в то время как пиримидиновые основания (тимин и цитозин) имеют только одно кольцо.Это было важно для Ватсона и Крика, потому что помогло им понять,
как образовалась двойная спираль.

На этих изображениях изображена модель шара и палки из двух нуклеотидов ДНК. серый
шары — это атомы углерода, синие шары — азот, красные шары — кислород и
розовый шар — это фосфор. Атомы водорода не показаны.

Адениновый нуклеотид (пурин) Цитозиновый нуклеотид (пиримидин)

Базовых пар

Нуклеотиды ДНК выстраиваются так, что молекулы сахара и фосфата
сделайте два длинных хребта наподобие поручней лестницы.Сделать ступеньки
лестницы, два основания соединяются вместе, между молекулами сахара на
два поручня. Молекулы фосфатов не имеют «ступенек».
между ними. ЕСТЬ ТОЛЬКО ОДИН СПОСОБ, КОТОРЫЙ МОЖЕТ СОЕДИНИТЬСЯ НА ПАРКЕ
ЛЕСТНИЦА ДНК. Молекула аденина спаривается только с тимином. Цитозин
только пары с гуанином. Они могут сочетаться в любом порядке на ступеньках, давая
четыре возможных комбинации баз —

A-T или T-A и C-G или G-C

Вы не поверите, но именно эта цепочка пар оснований составляет код.
это контролирует, как все выглядит.(См. Как работает ДНК, чтобы узнать, как это сделать.)
Ниже приведено изображение, показывающее, как пары оснований. Вы увидите, что пурин
с двумя кольцами всегда пары с пиримидином с одним кольцом. Этим способом
ширина молекулы ДНК остается прежней. Пунктирные линии представляют
слабые водородные связи. Они образуются между частями молекул, которые имеют
слабые положительные и отрицательные заряды. Поскольку водородные связи слабые,
они способны распадаться легче, чем остальная часть молекулы ДНК.
Это важно, когда ДНК воспроизводит себя и выполняет свою основную работу.
контролирующих черт, которые определяют, как выглядит организм.

Сочетание аденина и тимина ***** Сочетание гуанина и цитозина

Модель двойной спирали

На этой модели очень короткого участка ДНК вы можете увидеть, как A-T
пары оснований C-G составляют ступеньки лестницы, а сахара и фосфаты
составьте две длинные пряди.

На этом снимке ДНК не перекручена. В
ДНК в одной хромосоме на самом деле будет иметь длину в сотни тысяч оснований.

Эти две модели показывают, как все атомы сахаров, фосфатов и
азотистые основания подходят друг к другу, образуя «винтовую лестницу»
или форма «витой лестницы», впервые предложенная методом дифракции рентгеновских лучей
фотографии ДНК, сделанные Розалинд Франклин и Морисом Уилкинсом.

********

Вернуться к указателю

Или посетите эти сайты в Интернете, чтобы узнать, как колледжи учат структуре
ДНК

Модель

ДНК — БИОЛОГИЧЕСКИЙ СОЕДИНЕНИЕ

Создание модели ДНК

Введение:

ДНК — сложная молекула, которая встречается во всех живых организмах. Создание моделей ДНК — отличный способ узнать о структуре, функциях и репликации ДНК.ДНК содержит генетическую информацию для воспроизводства жизни. Его структура представляет собой скрученную двойную спираль, состоящую из длинных цепей чередующихся сахаров и фосфатных групп, а также азотистых оснований (аденин, тимин, гуанин и цитозин). Основной структурной единицей молекулы ДНК является нуклеотид. Нуклеотид состоит из фосфата, молекулы сахара дезоксирибозы и азотсодержащего основания (A, T, C или G). Инструкции, содержащиеся в ДНК, используются для создания белков из аминокислот в цитоплазме.РНК должна сначала сделать копию ДНК в ядре, прежде чем белки смогут быть построены рибосомами в цитоплазме. Следующее упражнение познакомит вас со структурой ДНК и тем, как определить аминокислоты, которые она будет кодировать при построении белка.

Цели:

  • Студенты изучат структуру четырех нуклеотидов, составляющих ДНК
  • Студенты смогут изготовить часть модели ДНК
  • Студенты смогут определить аминокислотную последовательность, которая может быть получена из их модели ДНК.

Материалы:

  • Вырезы основных субъединиц ДНК (Щелкните здесь, чтобы увидеть образцы)
  • Цвета (красный, зеленый, желтый, синий, черный и фиолетовый)
  • Ножницы
  • Клей и / или лента
  • Карандаш
  • Строка
  • Вешалка для одежды из проволоки

Процедура:

ЧАСТЬ A — Строительная ДНК

  1. Вырежьте все единицы, необходимые для получения нуклеотидов, из предоставленных образцов (необходимое количество см. В таблице 1)
  2. Цветовой код азотных оснований, фосфора и сахаров: аденин (синий), гуанин (зеленый), тимин (желтый), цитозин (красный), фосфат (черный) и дезоксирибоза (фиолетовый)
  3. Создайте НУКЛЕОТИД, склеив фосфат, сахар и одну основу вместе (см. Диаграмму 1)
  4. Завершить конструирование других 23 нуклеотидов (всего 24)
БАЗОВОЕ ПРАВИЛО СОПРЯЖЕНИЯ Для ДНК:
А пары с T
C пары с G
  1. Используйте 12 ваших нуклеотидов, чтобы сделать ЛЕВУЮ НИТЬ модели вашей ДНК, прикрепив фосфаты ОДНОГО нуклеотида к дезоксирибозному сахару ДРУГОГО нуклеотида
  2. Когда вы закончите левую часть своей модели (12 нуклеотидов), ЗАПИШИТЕ ОСНОВНУЮ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ, начиная с ВЕРХНЕГО основания в таблице 2.
  3. Используйте ваши другие 12 нуклеотидов для создания ДОПОЛНИТЕЛЬНОЙ ПРАВОЙ НИТИ ДНК (A с T и C с G)
  4. Запишите последовательность вашей правой ветви в таблице 2.
  5. Теперь у вас есть модель ДНК, которая выглядит как лестница.
  6. Используйте веревку, чтобы прикрепить модель ДНК к нижней части вешалки для подвешивания.

ТАБЛИЦА 1

Нуклеотидный компонент Кол-во Цвет
Тимин 6 ЖЕЛТЫЙ
Аденин 6 СИНИЙ
Цитозин 6 КРАСНЫЙ
Гуанин 6 ЗЕЛЕНЫЙ
Фосфат 25 ЧЕРНЫЙ
Сахар дезоксирибоза 25 ФИОЛЕТОВЫЙ

Схема 1

Таблица 2

Базовая последовательность ЛЕВАЯ Нить Базовая последовательность, правая нить

ЧАСТЬ B — Определение аминокислотной последовательности ДНК

  1. Используя последовательность оснований ТОЛЬКО ЛЕВОЙ НИТИ ДНК, запишите основания в порядке (сверху вниз) в таблице 4.(12 баз)

ОСНОВНОЕ ПРАВИЛО СОПРЯЖЕНИЯ для РНК:
(помните, что урацил заменяет тимин)
А пары с U
C пары с G
  1. Теперь определите основания мРНК, которые будут соответствовать вашим последовательностям ДНК, и запишите эти основания в Таблицу 4. (мРНК «считывает» ДНК, поэтому рибосомы могут расположить аминокислоты в правильном порядке при образовании белков.)
  2. Используйте таблицу кодонов мРНК (Таблица 3), чтобы записать 4 аминокислоты, которые кодирует ваша цепь ДНК при создании белка.

Таблица 3 — Кодоны мРНК

Аминокислота Кодоны Аминокислоты Кодоны
Аланин GCU, GCC, GCA, GCG лейцин UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG
Аргинин CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG Лизин AAA, AAG
Аспарагин AAU, AAC метионин августа
Аспарагиновая кислота GAU, GAC фенилаланин UUU, UUC
Цистеин УГУ, УГК Пролин CCU, CCC, CCA, CCG
Глютамин CAA, CAG Серин UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC
Глутаминовая кислота ГАА, ГАГ Треонин ACU, ACC, ACA, ACG
Глицин GGU, GGC, GGA, GGG Трпитофан UGG
Гистидин CAU, CAC Тирозин UAU, UAC
Изолейцин AUU, AUC, AUA Валин ГУУ, ГУК, ГУА, ГУГ
Начало AUG, GUG Остановка UAG, UGA, UAA

Таблица 4

Основания ДНК, кодоны мРНК и аминокислоты
ДНК
MRNA
Аминокислоты

Заключение:

1.Назовите 4 нуклеотида ДНК.

2. Какие 2 молекулы составляют стороны ДНК.

3. Ваша модель ДНК выглядела как лестница. Какова истинная форма молекулы ДНК?

4. Какое азотистое основание есть в ДНК, но не в РНК? Какая база его заменяет?

5. Какой кодон мРНК запускает образование белка?

6.Какие кодоны останавливают образование белка?

7. Где в клетке вы найдете ДНК? РНК? Аминокислоты?

8. Если 25% ДНК составляет аденин, какой процент составляет цитозин?

9. Что произойдет, если РНК ошибается при копировании инструкций ДНК?

НАЗАД

красителей BHQ, связанных с тимином | LGC Biosearch Technologies

Краситель BHQ связан через тимин, а не через фосфат, что обеспечивает большую гибкость при разработке анализов.

LGC Biosearch расширяет нашу линейку реагентов для синтеза BHQ® (Black Hole Quencher®), связанных с тимином, за счет включения связанных с тимином BHQ-1 и BHQ-2 CPG (стекло с контролируемыми порами) для 3 ’мечения. Краситель BHQ связан через тимин, а не через фосфат, что обеспечивает большую гибкость при разработке анализов.

BHQ T-Linker CPG используется для добавления нефлуоресцентного тушителя на 3′-конце олигонуклеотида.Эти носители имеют гликолатную связь с CPG, что обеспечивает быстрое расщепление олигонуклеотидов и совместимость с чувствительными к основанию флуорофорами. После отщепления от подложки 3 ’BHQ T-связанная модификация содержит гидроксипропиловый эфир, который предотвращает удлинение полимеразы и лигирование на 3’ конце зонда.

Связанные с тимином красители BHQ обеспечивают гибкость в дизайне анализов, позволяя использовать альтернативные механизмы связывания хромофора. Основание тимина, которое может участвовать в гибридизации, может быть включено в олиго без нарушения фосфатного остова, что позволяет расширить возможности для дизайна зонда.

Тушитель BHQ-1 имеет максимальное поглощение в диапазоне от 480 до 580 нм, что обеспечивает отличное тушение флуорофоров, излучающих в этом диапазоне, таких как красители FAM, TET, JOE, HEX, CAL Fluor® Gold 540 и CAL Fluor Orange 560. .

Тушитель BHQ-2 имеет максимальное поглощение в диапазоне от 560 до 670 нм, что обеспечивает отличное тушение флуорофоров, излучающих в этом диапазоне, таких как TAMRA, Cy3, Quasar® 570, Quasar 670, Cy5, CAL Fluor Red 590 и CAL Fluor. Красные 610 красителей.

Т-связанные опоры BHQ CPG доступны на 500 Å CPG для синтеза олигонуклеотидов до 50-меров в длину.

BHQ-1 Т-линкер CPG

Также доступны: dT-связанные амидиты BHQ.

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie.Вам необходимо сбросить настройки вашего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.
    Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г.,
    браузер автоматически забудет файл cookie.Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.
    Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie
потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт
не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к
остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Тимин — обзор | ScienceDirect Topics

3.3.2.6 Азотные гетероциклы

Пурины и пиримидины, такие как аденин, гуанин, цитозин, тимин и урацил, представляют собой небольшие азотсодержащие ароматические кольцевые структуры (N-гетероциклы) и занимают центральное место в биологии суши. В биохимии азотистые основания служат информационными мономерами рибонуклеиновой кислоты (РНК) и дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) без сахарных и фосфатных групп и являются повсеместными и древними, о чем свидетельствует их заметная роль в коферментах и ​​биохимических путях (Bloch, 1996).Аденин и гуанин присутствуют в РНК и ДНК в земной жизни, тогда как тимин находится только в ДНК, а урацил — только в РНК. Доступность азотистых оснований в качестве сырья для пребиотической химии, ведущей к первым самовоспроизводящимся системам на ранней Земле, зависит от их эндогенного синтеза и их доставки через экзогенные источники. Чтобы определить, был ли экзогенный материал важным источником пуринов и пиримидинов на пребиотической Земле, был исследован состав нуклеиновых оснований в CC.

Происхождение азотистых оснований в хондритах обсуждается с начала 1960-х годов, когда были опубликованы первые сообщения о пуриновых и пиримидиновых основаниях в экстрактах углеродистых метеоритов (например, Briggs, 1961). Несколько групп позднее обнаружили присутствие пуринов и пиримидинов в КЦ (Folsome et al., 1971; Hayatsu, 1964; Hayatsu et al., 1975; Stoks, Schwartz, 1979, 1981; Van der Velden and Schwartz, 1977). Однако позже было показано, что некоторые из использованных аналитических методов загрязняли образцы или вызывали артефакты, особенно ложное обнаружение s-триазинов и 4-гидроксипиримидина (Stoks and Schwartz, 1981; Van der Velden and Schwartz, 1977).Последующие исследования экстрактов муравьиной кислоты выявили несколько пуринов, включая аденин, гуанин, гипоксантин, ксантин и пиримидин-урацил в метеоритах CM2 Murchison и Murray и CI1 Orgueil (Stoks and Schwartz, 1981; Van der Velden and Schwartz, 1977). ) с общей численностью около 1 миллионной доли. Гипоксантин и ксантин не присутствуют в ДНК или РНК, но являются важными промежуточными продуктами в синтезе и разложении пуриновых нуклеотидов. Другие N-гетероциклы, обнаруженные в Murchison, включают 2,4,6-триметилпиридин, хинолины и изохинолины (Krishnamurthy et al., 1992; Стокса и Шварца, 1982). Shimoyama et al. (1990) также обнаружили гуанин и, возможно, ксантин и гипоксантин в антарктических метеоритах CM Yamato (Y-) 74662 и Y-7

. В метеорите CV3 Альенде азотистые основания не обнаружены (Stoks, Schwartz, 1981).

Поскольку на Земле обнаружено много N-гетероциклов, а нуклеотидные основания, обнаруженные в метеоритах, обычны в биологии, нельзя исключать земное происхождение (Van Der Velden and Schwartz, 1974). В отличие от аминокислот азотистые основания не проявляют молекулярной хиральности, что затрудняет различение абиотического и биотического происхождения этих соединений.Тем не менее, Ван дер Вельден и Шварц (1977) отметили, что большие количества ксантина и очевидное отсутствие пиримидинов, цитозина и тимина в метеорите Мерчисон несовместимы с распределением азотистых оснований, обнаруженных в земных отложениях, что подтверждает внеземное происхождение по крайней мере некоторые из этих соединений. Измерения изотопов показали, что урацил (δ 13 C = + 44,5 ‰) и ксантин (δ 13 C = + 37,7 ‰) в метеорите Мерчисон показали обогащение изотопом 13 C по сравнению с урацилом, извлеченным из почвы место падения Мерчисона (δ 13 C = −10.6 ‰), предполагая, что урацил и ксантин в Murchison имеют внеземное происхождение (Martins et al., 2008). Однако в этих анализах не было отделения базовой линии от фоновых примесей, и присутствие коэлютирующих 13 C-обогащенных карбоновых кислот в Мерчисоне могло внести вклад в значения δ 13 C, измеренные для урацила и ксантина, поэтому эти значения не являются однозначно (Burton et al., 2012b). В конечном итоге потребуются дополнительные измерения, чтобы твердо установить внеземное происхождение этих и других N-гетероциклов, обнаруженных в углеродистых метеоритах.

Обширная кампания по поиску и определению количества и распределения пуринов и пиримидинов в экстрактах муравьиной кислоты из 11 различных КИ, КМ и CR CC была предпринята Callahan et al. (2011). Они использовали новую одноразовую технику твердофазной экстракции после экстракции метеоритов муравьиной кислотой для повышения выхода извлечения N-гетероцикла и значительного уменьшения присутствия мешающих карбоновых кислот и загрязнения в результате многоступенчатых процессов очистки, использованных в предыдущих исследованиях (Callahan et al. al., 2011). Последние достижения в области масс-спектрометрии и аналитических методов сделали возможной однозначную идентификацию и количественное определение азотистых оснований в сложных смесях. Каллахан и др. использовали комбинацию жидкостной хроматографии в сочетании с тройным квадрупольным масс-спектрометром для идентификации азотистых оснований на основе переходов родительского иона дочернего иона, специфичных для каждого соединения, наряду с хроматографическими временами удерживания. Кроме того, очень чистые масс-спектры сверхвысокого разрешения были получены с использованием масс-спектрометра Fourier Transform Orbitrap, что позволяет однозначно определить элементную формулу для каждого соединения.Используя эти два аналитических метода, они обнаружили, что метеорит Мерчисон и два антарктических метеорита CM2 LON 94102 и LEW

содержат очень разнообразный набор азотистых оснований, включая аденин, гуанин, гипоксантин и ксантин, а также три необычных и очень редких аналога азотистых оснований пурин, 6 , 8-диаминопурин и 2,6-диаминопурин (Callahan et al., 2011). Согласованное распределение пуринов, обнаруженное в нескольких различных хондритах CM2, отличных от земной биологии, на сегодняшний день является наиболее убедительным доказательством присутствия внеземных пуринов в CC.Метеориты CM2, проанализированные в работе Callahan et al. В исследовании был представлен наиболее обильный и разнообразный набор пуринов изученных СС (с концентрациями от ∼1 до 244 частей на миллиард (таблица 3.6). Более сильно измененные хондриты типа 1 CI, CM и CR показали снижение общей численности и разнообразия. Лабораторные эксперименты в том же исследовании показали, что идентичный набор азотистых оснований и аналогов азотистых оснований был произведен в водных реакциях цианида аммония, обеспечивая вероятный механизм их образования в родительских телах астероидов (Callahan et al., 2011).

Таблица 3.6. Концентрация пуринов (ppb) в углеродистых хондритах

15 6

Метеорит Тип G HX X A Pu 2,6-DAPu
Orgueil CI1 20 5 & lt; 10 7 5 & lt; 2
SCO 06043 CM1 2 4 & lt; 10 4 & lt; 1 & lt; 2
MET 01070 CM1 29 & lt; 3 & lt; 10 5 & lt; 1 & lt; 2
GRO 95577 CR1 & lt; 2 & lt; 3 & lt; 10 & lt; 0.5 & lt; 1 & lt; 2
ALH 83100 CM1 / 2 21 4 4 1 & lt; 0,1 & lt; 0,2 +
Murchison CM2 56 26 60 5 3 + +
LEW

CM2 167 23 22 10 1 & lt; 0.2 +
LON 94102 CM2 244 94 77 30 6 5 +
GRA 95229 CR2 4 4 & lt; 10 21 9 & lt; 2 +
EET CR2 & lt; 2 & lt; 3 & lt; 10 5 4 & lt; 2 +
QUE 99177 CR3 & lt; 2 & lt; 3 & lt; 10 11 7 & lt; 2 +

2,6-DAPu , 2,6-диаминопурин; 6,8-DAPu , 6,8-диаминопурин; A , аденин; G , гуанин; HX , гипоксантин; Pu , пурин.Концентрации определялись на основе хроматограммы тройного квадрупольного масс-спектрометра с контролем нескольких реакций и представляют собой сумму всех фракций твердофазной экстракции. Необнаруженные пурины указываются как верхний предел или с отрицательным знаком. Знак + указывает на положительное обнаружение соединения без количественного определения. 6,8-диаминопурин не определялся количественно из-за отсутствия чистого стандарта.

Изменено от Callahan, M.P., Smith, K.E., Cleaves II, H.J., Ruzicka, J., Стерн, Дж. К., Главин, Д. П., Хаус, К. Х., Дворкин, Дж. П., 2011. Углеродистые метеориты содержат широкий спектр внеземных азотистых оснований. Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки 108, 13995–13998.

Принято считать, что внеземные азотистые основания могли быть образованы механизмами абиотических реакций в различных космических средах. Однако низкая скорость образования в сочетании с низкой устойчивостью к УФ-излучению делает обнаружение азотистых оснований в межзвездной и околозвездной среде чрезвычайно трудным (Peeters et al., 2003). Фактически, в ISM были обнаружены только верхние пределы этого класса соединений (Kuan et al., 2003). Вместо этого синтетические процессы в родительском теле метеорита во время водной трансформации, скорее всего, ответственны за присутствие метеоритных азотистых оснований. Ряд абиотических синтетических путей был исследован в лабораторных моделях. К ним относятся (1) полимеризация HCN (Феррис и др., 1978; Леви и др., 1999; Минард и др., 1998; Миякава и др., 2002; Оро, 1960, 1961; Оро и Кимбалл, 1961); Sanchez et al., 1967; Voet and Schwartz, 1983), (2) синтез путем гашения высокотемпературной плазмы CON 2 H 2 O (Miyakawa et al., 2000), (3) реакция цианоацетилена с цианатом в относительно разбавленном растворе при pH 8 и комнатная температура (Ferris et al., 1968), и (4) реакция цианоацетальдегида с мочевиной в эвтектическом растворе (Nelson et al., 2001) или при более высокой температуре (Robertson and Miller, 1995). Возможны и другие пути (Ferris, Hagan, 1984; Orgel, 2004), и некоторые из них могли возникнуть на родительском теле метеорита Мерчисон.Также необходимо учитывать деградацию азотистых оснований в гидратированной среде родительского тела во время фазы водного изменения. Например, цитозин разлагается до урацила с периодом полураспада 17000 лет, а гуанин разлагается до ксантина с периодом полураспада 1,3 млн лет при 0 ° C и pH 7 (Levy and Miller, 1998). Следовательно, наблюдаемые метеоритные распределения азотистых оснований являются результатом как синтетических, так и последующих реакций разложения.

Также представляет интерес происхождение жизни, монокарбоновые гетероциклы никотиновая кислота, пиколиновая кислота и изоникотиновая кислота были идентифицированы в разгруппированном CC озера Тагиш C2 и в девяти различных CC CM2 Murchison, LEW 85311, LAP 02336, LAP 02333, EET 96016, ALH 85013, DOM 08003, DOM 03183 и WIS

(Alexandre et al., 2004; Хуанг и др., 2005; Пиццарелло и др., 2001; Пиццарелло и Хуанг, 2002; Smith et al., 2014b) со значениями изотопного соотношения для никотиновой кислоты во внеземном диапазоне (δD = + 129 ‰ и δ 13 C = + 20 ‰) в метеорите Мерчисон (Huang et al., 2004; Пиццарелло и др., 2004). Совместные лабораторные космохимические синтезы этих пиридинмонокарбоновых кислот в результате протонного облучения льда пиридин / CO 2 20K показали такое же соотношение этих трех видов, что и в метеоритах CM2 (Smith et al., 2014a), и хотя относительные пропорции этих трех видов были схожими, их численность была обратно пропорциональна истории водных изменений. Также наблюдались другие функционализированные азотные гетероциклы. Недавно набор алкилированных пиридинов был обнаружен масс-спектрометрией сверхвысокого разрешения в метеорите Мерчисон (Yamashita, Naraoka, 2014). Несколько других азотных гетероциклов, таких как конденсированные фталевая и гомофталевая кислоты, хинолоны и другие метилированные монокарбоновые пиридины, были обнаружены Мерчисоном (Pizzarello et al., 2006).

Влияние неправильной пары G: T на динамику ДНК

Abstract

Искажения в последовательности ДНК, такие как повреждения или неправильные пары, специфически распознаются и обрабатываются ферментами репарации ДНК. Особой проблемой для ферментативной специфичности является распознавание ошибочно размещенного нативного нуклеотида, такого как тимин, в ошибочных парах T: G. Важным этапом связывания субстрата, который наблюдается во многих репарационных белках, является переворачивание основания-мишени из спирали ДНК в активный сайт фермента.В этой работе мы исследуем, насколько изменилась внутренняя динамика неправильно спаренной ДНК по сравнению с канонической ДНК. Наше молекулярно-динамическое моделирование ДНК с ошибочными парами T: G и без них показывает значительные различия в конформации спаренных и неправильно спаренных ДНК. Пара колебаний T: G показывает локальные искажения, такие как скручивание, сдвиг и растяжение, которые отклоняются от канонических значений формы B. Более того, ошибочная пара T: G оказывается кинетически менее стабильной, демонстрируя два состояния по отношению к раскрытию оснований: закрытое состояние, сравнимое с каноническими парами оснований, и более открытое состояние, указывающее на склонность к перевороту оснований.Кроме того, мы наблюдаем, что основание тимина в неправильной паре T: G значительно более вероятно, чем тимин в паре T: A или цитозин в паре C: G. Можно предположить, что такие локальные деформации и, в частности, существование второго, более открытого состояния, способствуют распознаванию сайта-мишени репаративными ферментами.

Образец цитирования: Имхоф П., Захран М. (2013) Влияние неправильной пары G: T на динамику ДНК. PLoS ONE 8 (1):
e53305.

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0053305

Редактор: Паоло Карлони,
Немецкая исследовательская школа моделирования наук, Германия

Поступила: 18.07.2012; Одобрена: 30 ноября 2012 г .; Опубликовано: 15 января 2013 г.

Авторские права: © 2013 Imhof, Zahran. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: Эта работа была поддержана Немецким научным фондом (DFG) [IM141 / 1–1]. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что конкурирующих интересов не существует.

Введение

Дезаминирование цитозина или метилцитозина — это повреждение ДНК, приводящее к мутации урацила или тимина, соответственно, что приводит к несоответствию G: U или T: G.Гликозилазы, такие как человеческая тиминовая ДНК-гликозилаза (TDG) или урацил-ДНК-гликозилаза (UDG), распознают несовпадения T: G или G: U и специфически удаляют неправильно спаренные T или U соответственно. Обнаружение ошибочной пары T: G означает распознавание одного из четырех нуклеотидов, которые составляют ДНК, но расположены в неправильном месте, что приводит к несовпадению последовательностей.

Из множества структур гликозилаз, образующих комплекс с поврежденной ДНК [1], [2], известно, что поврежденные, неправильно спаренные или неправильные основания переворачиваются из спирального дуплекса ДНК в активный сайт фермента.Утверждалось, что этот переворот основания [3], [4] облегчает доступ к протоноакцепторным группам ножничного основания, то есть основания, которое будет удалено ферментом репарации. В дебатах о том, как ферменты гликозилазы распознают поврежденное или неправильно спаренное основание, обсуждаются два механизма. Один из них — «пассивный» механизм, при котором фермент обнаруживает экстраспирально открытые, уже (по крайней мере частично) развернутые основания. Этот механизм подразумевает, что раскрытие пары оснований на несколько степеней переворота более вероятно для поврежденных / неправильно спаренных оснований, чем для целых канонических.Альтернативный механизм включает переворачивание основания, в то время как фермент перемещается по ДНК, полагаясь на фермент, специфически усиливающий переворачивание его основания-мишени [4], [5].

Исследования ЯМР в растворе

показали, что неправильная пара T: G вносит только локальные возмущения в форму ДНК B, не выходя за пределы соседних пар оснований [6]. Помимо небольших отклонений в торсионных углах основной цепи, авторы сообщают об асимметрии -углов между гликозидными связями и вектором пары оснований (C1′-C1 ‘) для несоответствий T: G в отличие от довольно симметричных углов, наблюдаемых в канонических парах оснований. [6].

Экспериментальным зондом для открытия и повторного закрытия водородных пар оснований является обмен имино-протонами гуанина, урацила или тимина, который можно измерить с помощью ЯМР [7] — [9]. Скорость открытия основания может быть рассчитана из скорости обмена имино-протона, предполагая, что обе скорости равны, если сам обмен является быстрым (что может быть достигнуто с помощью катализаторов, акцептирующих протоны). Однако скорости обмена имино-протонов не могут быть непосредственно использованы в качестве меры для переворота оснований, поскольку доступность растворителя для имино-протонов может быть достигнута уже при малых углах переворота (раскрытия) [10] — [12].Более того, поскольку доступность иминопротонов может быть достигнута путем переворота любого из двух оснований в паре, кинетика полного переворота одного основания из двойной спирали ДНК — в сторону конформации, которая наблюдалась в комплексах с белками репарации ДНК. — таким образом, не могут быть извлечены напрямую из экспериментов.

Молекулярное моделирование оказалось мощным инструментом для получения информации о структуре и динамике на атомном уровне, которая напрямую не доступна для экспериментов, и успешно использовалась для анализа конформационных изменений в белках и ДНК [13] — [27].

Последовательно-зависимая динамика некомплексированной ДНК с различными типами повреждений, повреждений или неправильных пар была исследована многочисленными исследованиями молекулярной динамики [15], [28] — [37]. Моделирование переворота оснований было успешно проведено на свободной ДНК [28] — [40] и в комплексе с различными ферментами репарации ДНК [21], [22], [41], [42].

В экспериментах по кристаллизации тиминовой ДНК-гликозилазы человека была выяснена структура комплекса белок-ДНК с перевернутым аналогом продукта [43].Кинетические эксперименты показали важность консервативных остатков для переворота оснований [44]. Недавняя работа той же группы позволила выявить структуру ДНК с аналогом субстрата (U) [45] в комплексе с белком дикого типа и мутантным белком. Авторы, кроме того, сообщают о МД-моделировании комплекса белок-ДНК в перевернутой форме, показывая, что два консервативных остатка дестабилизируют полностью перевернутую форму целевого dT в противоположность субстрату dU. Они завершают этот неполный переворот, чтобы уменьшить доступность dT, что могло бы минимизировать аберрантное удаление T из пар A: T.Это согласуется с более ранней биохимической работой тех же авторов [46], в которой было обнаружено, что обратимое переключение нуклеотидов происходит намного быстрее для G: T, чем для субстратов G: U.

Поскольку переворачивание основания ДНК происходит во временных масштабах, намного превышающих доступные при прямом МД-моделировании, были использованы различные разновидности улучшенной молекулярной динамики, которые все заставляют произойти переворот основания путем приложения внешнего потенциала. Основное отличие заключается в определении координаты реакции, т.е.е. геометрический параметр (например, внутренняя координата) ограничен. Подробный обзор различных методов см. В [29], [40]. Сравнение популярных силовых полей приведено в [33]. Два популярных силовых поля CHARMM [47] и AMBER parm99 [48] демонстрируют одинаково хорошее согласие с экспериментальными данными по имино-протонному обмену. Однако подробная атомная картина, а также рассчитанные PMF различаются между различными силовыми полями. В более недавнем исследовании [35] было проведено сравнение длинных симуляций длинных дуплексов ДНК с силовым полем CHARMM и с улучшенным силовым полем Янтаря parmbsc0 [49].Авторы делают вывод об «очень замечательном сходстве между оценками parmbsc0 и CHARMM27» для винтовой жесткости. Установлено, что водородные связи между парами Уотсона-Крика C: G и T: A менее прочны с CHARMM27 по сравнению с parmbsc0. Переходная потеря водородных связей является обычным явлением при использовании любого из двух силовых полей. В заключение, оба силовых поля имеют одинаковое качество для получения «согласованной картины основных структурных динамических характеристик B-ДНК» [35].

Открытие пар T: G в ДНК (и G: U в РНК) было недавно изучено путем выполнения комбинации измерений протонного обмена имино и моделирования молекулярной динамики [12].Авторы определили открытие линейной комбинацией углов поворота двух оснований G и T. Было обнаружено, что наиболее выгодным с энергетической точки зрения путем открывания является совместное вращение обоих оснований, открывающихся через большую канавку. Более того, авторы приходят к выводу, что общая модель двух состояний для раскрытия пары оснований может быть применена, поскольку имино-протоны замкнутой пары оказываются недоступными для растворителя. Однако сообщалось, что протонный обмен имел место только с 10–40% доступностью [12].

В этой работе мы применяем молекулярное моделирование, чтобы исследовать, насколько внутренняя динамика ошибочно спаренной ДНК по сравнению с интактной, хорошо спаренной ДНК способствует распознаванию неправильной пары репарационными белками. Мы выполнили молекулярно-динамическое моделирование коротких последовательностей несвязанной ДНК в воде, чтобы исследовать динамику парной ДНК и ДНК, несущей одну ошибочную пару T: G вместо пары G: C или пары A: T. Мы проанализировали конформационные различия ДНК в ошибочной паре T: G по сравнению с парами Ватсона-Крика C: G и T: A.Кроме того, мы вычислили свободную энергию для неферментативного процесса переворота в воде, чтобы исследовать, может ли тимин из ошибочной пары T: G вырваться из двойной спирали ДНК легче, чем перевернуть цитозин из C: G или тимина. из Т: А.

Методы

Настройка системы

Три набора ДНК-олигонуклеотидов длиной 17 пар оснований были приготовлены в стандартной форме B-ДНК, d (GCTCTGTACGTGAGCAG), интересующий сайт подчеркнут. Это часть последовательности ДНК, наблюдаемая в кристаллической структуре комплекса hTDG-ДНК (2RBA [43]), с которой связывается белок.Сайт, который является базовым в комплексе hTDG-ДНК, был смоделирован либо цитозином (C: G), либо тимином (T: G), оба перевернуты. В качестве еще одной ссылки, третья установка с парой T: A в точке C Сайт / T: G подготовлен. Эти начальные модели были построены и минимизированы с помощью CHARMM [47]. Силовое поле CHARMM 27 [50] использовалось повсюду.

Олигомеры из 17 пар оснований имеют длину ∼60 Å и ширину ∼20 Å. Системы были сольватированы явной водой с использованием модели TIP3P [51], простирающейся по крайней мере на 10 Å за пределы ДНК в каждом направлении в кубическом ящике (x = y = z = 90 Å).Кубическая форма гарантирует, что даже после поворота между двумя соседними изображениями будет достаточное расстояние. Было добавлено 36 противоионов Na для нейтрализации системы и избыток ионов Na и Cl для получения физиологической концентрации 150 мМ NaCl. Добавление ионов осуществлялось путем случайного замещения атомов кислорода воды.

Моделирование проводилось с использованием периодических граничных условий, а дальнодействующие электростатические взаимодействия обрабатывались с использованием метода Эвальда с сеткой частиц [52] на сетке зарядов 92 × 92 × 92 с несвязанной отсечкой 12 Å.Электростатика ближнего действия и ван-дер-ваальсовы взаимодействия были усечены до 12 Å с использованием функции переключения, начиная с 10 Å.

Сольватированные структуры были минимизированы с использованием 5000 шагов наискорейшего спуска с последующей минимизацией с помощью алгоритма сопряженного градиента с гармоническим ограничением атомов растворенного вещества до достижения градиента энергии 0,01 ккал / (моль Å). Затем систему постепенно нагревали в течение 30 пс до 300 К с шагом 1 К с гармоническими ограничениями на растворенных атомах.

Системы были уравновешены в три различных этапа с постоянным количеством частиц, давлением (1 бар) и температурой (ансамбль NPT) в течение 75 пс. В первых 25 пс скорость изменялась каждые 0,1 пс, а во второй 25 пс использовалась динамика Ланжевена для поддержания постоянной температуры. Контроль давления был введен в течение третьих 25 пс и в производственном цикле с использованием поршня Нозе-Гувера Ланжевена с периодом затухания 500 фс [53]. Гармонические ограничения постепенно снимались (до 0.5, 0,25 и 0,05 ккал / (моль Å)) на трех стадиях уравновешивания.

Несмещенное моделирование МД

После уравновешивания были выполнены несмещенные производственные циклы NPT в течение 60 нс. Шаг интегрирования по времени составлял 2 фс, координаты сохранялись с интервалом дискретизации 2 пс. Все длины ковалентных связей с участием атомов водорода фиксировали с помощью алгоритма SHAKE [54].

Было выполнено несколько независимых МД-симуляций путем присвоения различных начальных распределений стартовых скоростей минимизированным системам: три прогона для двух настроек парной ДНК (C: G и A: T) и пять для неверно спаренной модели T: G ( ср.Таблица 1).

Смещенное (ABF) моделирование MD

Для моделирования переворота основания мы применили метод Adaptive Biasing Force (ABF) [55] — [57]. В ABF координата реакции разбита на небольшие ячейки. Отбор проб осуществляется по координате реакции непрерывно. В каждом бине отсчеты мгновенной силы, действующей вдоль координаты реакции, накапливаются до определенного порога. Если этот порог достигнут, применяется адаптивная сила смещения, чтобы «загнать» систему в следующий бункер.Координата реакции для переворота основания была определена как псевдодигранный угол между основанием переворота, сахарной составляющей того же нуклеотида, сахаром следующего нуклеотида и основанием следующего нуклеотида плюс основание и сахар противоположный нуклеотид ниже по течению (см. рисунок 1). Это определение координаты переворота аналогично тому, которое было предложено и применено в [31], [33], [38]. Потенциал средней силы (профиль свободной энергии) был получен путем дискретизации координаты реакции между 10 ° и 180 ° на окна шириной 2 °, и в каждом окне было собрано 2000 образцов до приложения смещения.Для C: G и T: A мы выполнили по три моделирования ABF каждое, а для T: G были запущены пять отдельных моделирования ABF с разными начальными скоростями. Смещенное моделирование проводилось в течение 24 нс каждое (см. Таблицу 1). Все моделирование молекулярной динамики проводилось с помощью программы NAMD [58].

Рис. 1. Определение координаты реакции для моделирования переворота основания: угол переворота — это псевдодиэдрический угол между центрами масс перевернутого основания (красный оттенок), сахарный фрагмент того же нуклеотида (зеленый оттенок), сахарный фрагмент следующего нуклеотида (желтый оттенок) и основание следующего нуклеотида плюс комплементарное основание в другой цепи ДНК (синий оттенок).

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.g001

Анализ

Для расчета потенциалов средней силы углы были разделены на 2 градуса, а параметры трансляции — на 0,2 Å. Разность свободной энергии относительно эталонного состояния оценивалась в соответствии с вероятностью нахождения системы в состоянии и вероятностью нахождения системы в эталонном состоянии. Вероятности были рассчитаны по количеству вхождений в ячейку.Бункер с наибольшим количеством вхождений был выбран в качестве эталонного состояния. Свободная энергия была оценена с доверительным интервалом 99%.

Для всех анализов (несмещенного и ABF-моделирования) свойства оценивались для каждого прогона индивидуально. Затем были рассчитаны средние значения и стандартные ошибки для соответствующих отдельных прогонов.

При анализе несмещенного МД моделирования первые 10 нс каждой траектории не учитывались. Среднеквадратичное отклонение (RMSD) как функция времени, представленное на Рисунке S1 в дополнительном материале, предполагает, что этого времени моделирования будет достаточно.Сходимость этих симуляций, кроме того, оценивалась путем сравнения свойств, вычисленных на разных длительностях симуляции, то есть 40, 50 и 60 нс (показаны на рисунках S5 – S17 в дополнительном материале). Сходимость моделирования ABF была оценена аналогичным образом путем сравнения профилей свободной энергии, полученных после времени моделирования 20–32 нс (см. Рисунок S19 в дополнительном материале).

Конформации спаренной и ошибочно спаренной ДНК были охарактеризованы путем вычисления двенадцати спиральных параметров, шести для основных шагов (три параметра вращения: крен, наклон и скручивание и три параметра перемещения: скольжение, подъем и сдвиг) и еще шесть для основных шагов. пары (пряжка, пропеллер, раскрытие, смещение, сдвиг, растяжение), которые определяют локальную геометрию ДНК.Кроме того, мы вычислили лямбда-углы, которые определяют углы между гликозидными связями (N1 / N9 – C1 ’) и вектором основание-основание (C1’ – C1’).

Заселенность водородной связи рассчитывалась как отношение времени образования водородной связи к общему времени траектории. Здесь считается, что два атома образуют водородную связь, если расстояние акцептор-донор составляет 3,0 Å, а угол акцептор-водород-донор равен 135.

Площадь поверхности, доступная для растворителя, была рассчитана путем помещения сферы зонда с радиусом r + 1.4 Å в контакте с атомной сферой Ван-дер-Ваальса, оба с центром в атоме. Части поверхностных сфер, где можно разместить центр сферического зонда, не проникая в другие атомы, увеличивают доступную для растворителя площадь поверхности [59].

Моделирование молекулярной динамики проводилось с использованием программы NAMD2.7 и силового поля CHARMM27. Все симуляции были выполнены на локальном групповом кластере, Heidelberg Linux Custer (HELICS) и Северо-германском суперкомпьютерном альянсе (HLRN).

Все изображения молекул были получены с помощью программы молекулярной визуализации VMD [60] и программы молекулярной графики Pymol [61]. Структурный анализ проводился с использованием стандартных программ; Инструменты Curves5.3, gromacs-4.5.5 [62] — [64] и наши собственные скрипты.

Результаты

Конформация ДНК

Мы исследовали конформацию двойной спирали ДНК, несущей ошибочную пару, и сравнили ее с интактной ДНК, проанализировав локальную конформацию в неправильной паре T: G, паре C: G и для сравнения в паре T: A (см. Рис. 2 для схематического изображения трех пар оснований).Рисунок 3 и рисунки S1 и S2 показывают профили свободной энергии для локальных параметров спирали, представляющих локальную конформацию ДНК в паре оснований T: G, C: G и T: A, соответственно. Среди спиральных параметров, характеризующих базовый шаг, только угол закручивания и сдвиг смещения демонстрируют существенные различия между парами C: G или T: A и неверно спаренными T: G. Угол закручивания имеет минимум свободной энергии 321 ° и 301 ° для двух пар Уотсона-Крика, C: G или T: A, соответственно, тогда как для пары колебаний T: G более высокий угол закручивания (391 °) больше вероятно.В случае смещения сдвига ошибочная пара T: G показывает два минимума свободной энергии. Первый расположен примерно на -0,50,2 Å, примерно в том же положении, что и минимум свободной энергии сдвига C: G (-0,40,1 Å), и близко к сдвигу 0,20,1 Å у T: A пара. Второй минимум свободной энергии ошибки T: G, который лишь ненамного превосходит по энергии первый, наблюдается при −2,30,4 Å.

Рис. 3. Профили свободной энергии локальных параметров ДНК ошибочной пары T: G (красный) и пары C: G (зеленый) и T: A (черный), соответственно, полученные из несмещенного МД-моделирования.

Показаны только параметры со значительными различиями: а) сдвиг б) скручивание в) сдвиг г) раскрытие д) растяжение. Профили свободной энергии для других параметров см. На рисунках S2 и S3 в дополнительном материале.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.g003

Профили свободной энергии параметров пары оснований, вычисленные на основе беспристрастного моделирования трех различных конфигураций ДНК, снова демонстрируют большое сходство между двумя вариантами Уотсона-Крика. пары C: G и T: A (см. рисунки 3, S2 и S3).Наиболее явные различия между парами Ватсона-Крика и парой колебаний можно наблюдать для сдвиговых и растягивающих перемещений, а также для угла раскрытия. T: G показывает минимум свободной энергии сдвига при -2,30,1 Å и наиболее вероятную трансляцию растяжения при -0,50,05 Å, которые отклоняются от значения пар Уотсона-Крика на -2 и -0,5 Å соответственно. . Более того, в случае T: G может наблюдаться второй минимум свободной энергии для растяжения пары оснований (0,40,1 Å), хотя и с более высокими статистическими ошибками.Профиль свободной энергии угла раскрытия пары оснований также показывает, что пара колебаний T: G имеет (по крайней мере) два состояния. Наиболее вероятное состояние имеет угол раскрытия, аналогичный углу раскрытия пар Уотсон-Крик (-1,00,5 Å). Однако второе, немного менее вероятное состояние, которое разделено барьером всего 1,5 ккал, наблюдается при угле открытия 451 ° (рис. 3). Искажения в ДНК, несущей ошибочную пару T: G, очень локальны, как видно из сравнения локальных параметров фланкирующих оснований и пар оснований (дополнительный материал, рисунки S5, S6, S7, S8, S9, S10, S11 , S12, S13, S14, S15, S16).Единственный параметр соседа, на который влияют, — это смещение базовой ступени, предшествующей неверно спаренной T. Это связано с определением смещения, то есть смещением по оси x относительно соседней базовой ступени. Смещение основного числа 10 (T) приводит к сдвигу относительно основного числа 11 и основного числа 9.

Базовый флип

На рис. 5 показан профиль свободной энергии псевдодигранного угла переворота для трех установок T: A, T: G и C: G, вычисленный на основе несмещенного МД-моделирования.В то время как пары оснований Уотсона-Крика C: G и T: A демонстрируют довольно узкий минимум свободной энергии около 371 ° и 381 °, в профиле свободной энергии неспаренной ДНК T: G можно наблюдать два минимума свободной энергии. Наиболее вероятный угол переворота составляет 471 °, а второй минимум свободной энергии, примерно на 0,3 ккал / моль выше по энергии, расположен при 681 °. Достаточно низкий барьер между двумя минимумами свободной энергии позволяет наблюдать частые переходы (см. Рисунок S18).

Применяя технику адаптивной силы смещения, мы вычислили свободную энергию для вращения (переворота) одиночного основания из двойной спирали ДНК до угла переворота 180 градусов.Оказалось, что полное вращение основания ДНК, включая прохождение малой бороздки, требует слишком больших усилий, что приводит к деформации ДНК. Поэтому мы вычислили потенциал средней силы только для переворота через большую канавку. Профиль свободной энергии показан на рисунке 6.

Положения минимумов свободной энергии такие же, как наблюдаемые в несмещенном моделировании для двух пар оснований Уотсона-Крика. Основание тимина неспаренного T: G, однако, демонстрирует два минимума свободной энергии при 426 ° и 672 °, разделенных барьером ~ 1 ккал / моль.Эти профили свободной энергии сопоставимы с профилями, полученными при несмещенном моделировании (рис. 5).

Как и ожидалось, переворот основания цитозина из пары C: G требует значительно больше энергии (в среднем 112 ккал / моль), чем переворот неправильного спаривания тимина (5,51,8 ккал / моль ккал / моль). Отмена основания тимина из пары T: A имеет лишь немного более низкий барьер свободной энергии, но значительно более узкий диапазон ошибок (10,40,5 ккал / моль), чем переворот цитозина пары C: G.

Доступ к воде

Чтобы проанализировать, как переворот оснований влияет на экранированные в противном случае водородные связи внутри пары оснований, мы вычислили доступность воды для водородной связи, образованной атомами цитозина и тимина (N3, O2, N4 и O4, соответственно), как функция угла поворота базы.Соответствующие кривые показаны на Рисунке 7 слева. Дополнительно вычисленная доступная для воды площадь поверхности этих атомов показана на рисунке 7 справа. Как водородные связи, так и доступная для растворителя площадь поверхности демонстрируют аналогичную зависимость от угла поворота основания, за исключением атома O4 / N4h3. Для атома N3 обе кривые показывают минимумы примерно при таком же угле поворота (35 ° для C: G и T: A и 405 ° для T: G, соответственно), что и профиль свободной энергии. Однако минимумы водородных связей с атомом N3 и доступная для растворителя площадь поверхности ошибки T: G значительно уже, чем минимум свободной энергии угла переворота.T: G демонстрирует в среднем 0,3 водородных связей между атомом N3 и водой растворителя даже при минимальном угле переворота свободной энергии (405 °), который согласуется с 357% -ной занятостью водородных связей, наблюдаемой в несмещенном моделировании (см. Таблица 2).

Рис. 7. Слева: Среднее количество водородных связей воды в растворителе с атомами оснований a) N3-H b) O2 и c) O4 или N4h3 в случае тимина или цитозина, соответственно, в зависимости от угла поворота основания.

Справа: доступная для растворителя площадь поверхности основных атомов d) N3-H e) O2 и f) O4 или N4h3 в случае тимина или цитозина, соответственно, в зависимости от угла поворота основания.Данные моделирования пар C: G и T: A показаны черным и зеленым цветом, соответственно, данные для ошибочной пары T: G показаны красным. Метки атомов см. На рис. 2.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.g007

В двух случаях, когда O2 представляет собой водородную связь с гуанином (G: C и T: G), взаимодействие вода-O2 (либо в терминах число водородных связей или как доступная для растворителя площадь поверхности) минимальна при угле поворота 7010 ° и 6010 ° соответственно. Атом O2 тимина не участвует во взаимодействии Уотсона-Крика в паре с аденином, а затем может образовывать водородные связи с водой-растворителем в перевернутом состоянии.Следовательно, количество водородных связей существенно не меняется в зависимости от угла поворота. Однако его доступность для растворителя минимальна в перевернутом состоянии (угол переворота 4510 °) и увеличивается с углом переворота, как и свободная энергия для переворота основания.

Атомы O4 и N4 показывают увеличение числа водородных связей и увеличение доступной для растворителя площади поверхности при угле поворота до 60–70 °. Исключение составляет количество водородных связей, образованных между неправильно спаренным тимином O4 и водой-растворителем, а также между N4h3 и водой через второй атом водорода, которые оба уже присутствуют в перевернутом состоянии (см. Также Таблицу 2).

На рисунке S21 в дополнительном материале показаны снимки траекторий базового переворота. В перевернутом состоянии основание тимин / цитозин образует две / три водородные связи со своим комплементарным основанием. При угле поворота 60–70 ° только атом O2 погружается в двойную спираль ДНК и образует водородную связь с противоположным основанием комплементарной цепи. При угле поворота 180 ° основание полностью переворачивается в растворитель, в то время как соседние основания правильно соединяются.

Обсуждение

Анализ параметров спирали ДНК ясно показывает искажение ДНК, содержащей ошибочную пару T: G, по сравнению с канонической ДНК.В частности, параметры сдвига и растяжения пары оснований показывают значительное отклонение от значений, наблюдаемых для пар Уотсона-Крика. Более высокий угол закручивания — еще один показатель несоответствия базы. Колебание несоответствия T: G проявляется в нескольких отношениях. Заселенность водородной связи указывает на то, что атом O2 в T попеременно связан с атомом азота N1 (имино) или N2 (амино) азота гуанина, что позволяет предположить, что T: G имеет два метастабильных состояния. Первое состояние имеет два, второе, менее вероятное состояние имеет одну водородную связь между двумя основаниями.Это двухуровневое поведение также представлено в двух минимумах свободной энергии сдвига и сдвига. Угол раскрытия пары оснований также демонстрирует второй минимум свободной энергии, который расположен под значительно большим углом, чем первый минимум или минимумы свободной энергии пар Уотсона-Крика.

Молекулярно-динамическое моделирование ошибочной пары T: G показывает значительные локальные искажения, сравнимые с обнаруженными в экспериментах ЯМР [6]. Мы наблюдаем -углы, подобные тем, которые описаны в [6] для всех трех пар оснований (ср.Рисунок S4). Однако в наших симуляциях у несоответствующей пары есть второе состояние с гораздо более высоким углом. Более того, пара колебаний кинетически нестабильна и колеблется между двумя состояниями, одно из которых ближе к канонической конформации B-формы, чем другое. Более искаженное состояние менее вероятно и как таковое может считаться занятым только временно. Это второе состояние не наблюдалось в структурах ДНК, содержащих T: G, смоделированных на основе данных ЯМР в растворе. Это несоответствие может быть связано с переоценкой открытого состояния силовым полем, используемым в моделировании, и / или недооценкой из-за ограничений, применяемых при моделировании структуры на основе спектров ЯМР.Случайных (частичных) открытий пары оснований, наблюдаемых в нашем моделировании, может быть достаточно, чтобы быть обнаруженными поисковой гликозилазой и вызвать дальнейшую проверку ферментом, такую ​​как переходы от «запрашивающего комплекса» к «комплексу удаления» [5] включая переворачивание базы.

Профиль свободной энергии, вычисленный для переворота оснований тимина или цитозина из пар T: G, T: A или C: G, соответственно, показывает, что неверно спаренный тимин с наибольшей вероятностью достигнет внеспиральной конформации.Энергия, необходимая для одного базового переворота (5 ккал / моль), примерно такая же, как вычисленная ранее для комбинированного вращения обоих, G и T, открывающихся через большую канавку [12]. Затраты на бесплатную энергию для переключения одного T из пары T: A (10 ккал / моль) и C из пары C: G (11 ккал / моль) похожи друг на друга, но значительно выше, чем рассчитанные для неверно спаренных тимин. Однако диапазон ошибок для цитозинового переворота в режиме более высокого угла переворота значительно больше, чем для тимина из пар T: A.Это происходит из-за того, что были взяты образцы более высоких энергетических путей, а также указывает на большую конформационную гетерогенность перевернутого цитозина. Обратите внимание, что профиль свободной энергии, показанный на рис. 6, вычисляется путем усреднения нескольких независимо рассчитанных профилей свободной энергии. В случае неправильной пары T: G эти отдельные прогоны отличаются друг от друга точным расположением двух минимумов свободной энергии и барьером между ними (см. Рисунок S20). Эта дисперсия указывает на то, что другое конформационное изменение, имеющее место в более длительных временных масштабах, не было полностью усреднено в отдельных прогонах.Однако сходство между профилями угла поворота, полученными для несмещенного и усредненного моделирования ABF, предполагает, что путем усреднения по нескольким отдельным запускам недостаточная выборка отдельных запусков может быть в некоторой степени компенсирована. Среди множества возможных «медленных степеней свободы» наиболее вероятными кандидатами являются переворачивание и перестановка дополнительной базы. Мы наблюдали такие переходы время от времени в некоторых прогонах, которые не включены в настоящий анализ.

В других вычислительных исследованиях одиночных базовых флипов из пар C: G и T: A, подобных представленной здесь, сообщаются различные результаты. В зависимости от окружающей последовательности, силового поля и ограничения открытия, энергетические затраты на переворачивание тимина (из T: A) были рассчитаны примерно до 13 ккал, и 15–22 ккал были вычислены для переворачивания цитозина (в C: G ) [10], [11], [28]. Несмотря на вариацию подробных чисел во всех вычислительных исследованиях, переворот одного основания неверно спаренного T требует меньше энергии, чем переворот основания пиримидина из пар Уотсона-Крика T: A или C: G.Это согласуется с порядком констант равновесия для раскрытия пары оснований, полученным из экспериментальных скоростей обмена имино-протонами [65], которые на два порядка больше в T: G, чем в T: A, и на один порядок в T: A, чем в C: G.

Однако, как указывалось ранее [10] — [12], имино-протонный обмен может происходить уже при угле раскрытия примерно 30 ° от равновесия (т.е. при угле переворота 70 °). Наши результаты согласуются с этим выводом, показывая, что при угле поворота 70 ° как доступность растворителя для иминопротона (N3-H), так и количество его водородных связей с водой значительно возрастают.В случае неправильного спаривания Т конформация с углом переворота 70 ° заселяется даже без приложения внешней силы, позволяющей наблюдать водородные связи между иминопротоном и водой растворителя. Это могло бы объяснить необычно долгое время жизни «открытого состояния» (как определено кинетикой протонного обмена), описанное в [12]: частично открытое состояние с углом поворота 70 ° является вторым, метастабильным состоянием T: G-колебания. пара. В парах Уотсона-Крика конформации с углом переворота 70 ° нестабильны, их энергия примерно на 6 ккал / моль выше, и поэтому маловероятно, чтобы их можно было наблюдать.Частично открытое / перевернутое состояние (угол переворота 70 °) ясно показывает, как динамика ДНК изменяется из-за неправильной пары G: T.

Можно предположить, что внутренняя динамика неправильно спаренной ДНК играет роль в распознавании ферментом. Частично открытое состояние, наблюдаемое в наших симуляциях, могло бы служить индикатором ошибочного сравнения T в G: T, в отличие от A: T, которое может распознаваться репаративным ферментом по более пассивному механизму: гликозилазы, которые обрабатывают T: Ошибочные пары G сначала распознают локальные искажения в ступенях оснований и геометрии пар оснований, которые отклоняются от нормальной B-формы ДНК.Более того, частично открытое состояние ошибочной пары T: G, которое, как мы наблюдаем, временно занято также при несмещенном моделировании, предположительно легко распознается ищущим ферментом репарации.

Распознавание спиральных искажений, проявляемых ошибочно спаренными T: G, в отличие от T: A, и последующее образование плотного «вопросительного» [5] комплекса белок-T: G может помочь спасти фермент от процессивных попыток чтобы перевернуть каждую основу и тем самым также избежать переворота парного (T: A) тимина и ошибочно удалить его.

Заключение

ДНК

, содержащая единственную ошибочную пару T: G, демонстрирует локальную динамику, значительно отличающуюся от ДНК без такой ошибки. Пара колебаний T: G демонстрирует искаженную конформацию по сравнению с парами T: A или C: G. Более того, помимо полностью внутриспирального состояния, он демонстрирует второе, менее вероятное метастабильное состояние, которое частично открыто / перевернуто и позволяет воде-растворителю получить доступ к тимин-имино-протону.

Наши расчеты свободной энергии показывают, что тимин с гораздо большей вероятностью перевернется, чем цитозин в паре C: G или тимин в паре T: A, факт, который, возможно, может быть использован ферментами репарации.

Дополнительная информация

Рисунок S5.

Профили свободной энергии угла закрутки ошибочной пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)) пары соответственно в разное время моделирования. a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s005

(EPS)

Рисунок S6.

Профили свободной энергии угла наклона ошибочной пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)) пары соответственно в разное время моделирования.a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s006

(EPS)

Рисунок S7.

Профили свободной энергии угла крена неправильной пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)) пары соответственно в разное время моделирования. a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s007

(EPS)

Рисунок S8.

Профили свободной энергии роста пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s008

(EPS)

Рисунок S9.

Профили свободной энергии слайда пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования.a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s009

(EPS)

Рисунок S10.

Профили свободной энергии сдвига пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) этап 12, b, g, m) этап 11, c, i, o) этап 10, d, j, p) этап 9 и e, k, q) этап 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s010

(EPS)

Рисунок S11.

Профили свободной энергии раскрытия пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s011

(EPS)

Рисунок S12.

Профили свободной энергии крутки пропеллера пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)) соответственно, в разное время моделирования.a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s012

(EPS)

Рисунок S13.

Профили свободной энергии пряжки пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0053305.s013

(EPS)

Рисунок S14.

Профили свободной энергии смещения пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s014

(EPS)

Рисунок S15.

Профили свободной энергии сдвига пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования.a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053305.s015

(EPS)

Рисунок S16.

Профили свободной энергии растяжения пары T: G (красный, a) –e)) и T: A (черный, f) –k)) и C: G (зеленый, l) –q)), соответственно, в разное время моделирования. a, f, l) пара оснований 12, b, g, m) пара оснований 11, c, i, o) пара оснований 10, d, j, p) пара оснований 9 и e, k, q) пара оснований 8.

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0053305.s016

(EPS)

Благодарности

Мы благодарны за суперкомпьютерные ресурсы, предоставленные Helics в Междисциплинарном центре научных вычислений в Гейдельберге и Северо-Германским суперкомпьютерным альянсом (HLRN).

Вклад авторов

Задумал и спроектировал эксперименты: П.И. Проведены эксперименты: П.И. Проанализированы данные: ИП МЗ. Предоставленные реагенты / материалы / инструменты анализа: П.И. МЗ.Написал статью: П.И. МЗ.

Ссылки

  1. 1.
    Линдаль Т. (1982) Ферменты репарации ДНК. Ежегодный обзор биохимии 51: 61–87.
  2. 2.
    Санкар А., Санкар Г.Б. (1988) Ферменты репарации ДНК. Ежегодный обзор биохимии 57: 29–67.
  3. 3.
    Стиверс Дж. Т., Цзян Ю. Л. (2003) Механистический взгляд на химию гликозилаз репарации ДНК. Химические обзоры 103: 2729–2760.
  4. 4.
    Stivers JT (2008) Распознавание внеспиральных поврежденных оснований ферментами ДНК-гликозилазы.Химия — Европейский журнал 14: 786–793.
  5. 5.
    Фридман Дж. И., Стиверс Дж. Т. (2010) Обнаружение поврежденных оснований ДНК ферментами ДНК-гликозилазы. Биохимия 49: 4957–4967.
  6. 6.
    Allawi HT, SantaLucia, Jr J (1998) Структура раствора ЯМР додекамера ДНК, содержащего одиночные несоответствия G-T. Nucl Acid Res 26: 4925–4934.
  7. 7.
    Leroy JL, Kochoyan M, Huynh-Dinh T, Gueron M (1988) Характеристика раскрытия пары оснований в дезоксинуклеотидных дуплексах с использованием каталитического обмена иминопротона.J Mol Biol 200: 223–238.
  8. 8.
    Gueron M, Leroy JL (1995) Исследования кинетики пар оснований с помощью ЯМР-измерения протонного обмена. Методы энзимологии 261: 383–413.
  9. 9.
    Кочоян М., Герон М., Лерой Дж. Л. (1987) Одноместный режим раскрытия пары оснований ДНК приводит к обмену имино-протонами. Nature 328: 89–92.
  10. 10.
    Banavali NK, MacKerell, Jr AD (2002) Свободная энергия и структурные пути переворота оснований в последовательности, содержащей GCGC ДНК. J Mol Biol 319: 141–160.
  11. 11.
    Giudice E, Varnai P, Lavery R (2003) Открытие пары оснований в B-ДНК: пути свободной энергии для пар GC и AT из моделирования зонтичного отбора проб. Nucl Acid Res 31: 1434.
  12. 12.
    Варнаи П., Каналия М., Леруа Дж. Л. (2004) Механизм открытия пар G-T / U в дуплексах ДНК и РНК: комбинированное исследование имино-протонного обмена и моделирования молекулярной динамики. J Am Chem Soc 126: 14659–14667.
  13. 13.
    Арора К., Шлик Т. (2004) In Silico Evidence для ДНК-полимеразы- [бета.Изменение конформации, вызванное субстратом. Biophys J 87: 3088–3099.
  14. 14.
    Беверидж Д.Л., Баррейро Дж., Бьюн К.С., Кейс Д.А., Читам, III TE и др. (2004) Моделирование молекулярной динамики 136 уникальных тетрануклеотидных последовательностей олигонуклеотидов ДНК. I. Дизайн исследования и результаты по шагам d (CpG). Biophys J 87: 3799–3813.
  15. 15.
    Chen J, Dupradeau FY, Case DA, Turner CJ, Stubbe JA (2008) ДНК-олигонуклеотиды с A, T, G или C напротив основного сайта: структура и динамика.Исследование нуклеиновых кислот 36: 253.
  16. 16.
    Dalhus B, Laerdahl JK, Backe PH, Bjørås M (2009) Восстановление оснований ДНК — распознавание и инициация катализа. Обзоры микробиологии FEMS 33: 1044–1078.
  17. 17.
    Dixit SB, Beveridge DL, Case DA, Cheatham, III TE, Giudice E, et al. (2005) Моделирование молекулярной динамики 136 уникальных тетрануклеотидных последовательностей олигонуклеотидов ДНК. II: влияние контекста последовательности на динамические структуры 10 уникальных динуклеотидных ступеней.Biophys J 89: 3721–3740.
  18. 18.
    Fadda E, Pomès R (2011) На молекулярной основе распознавания урацила в ДНК: сравнительное исследование структуры TA и UA, динамики и кинетики открытых пар оснований. Nucl Acid Res 39: 767
  19. 19.
    Fujii S, Kono H, Takenaka S, Go N, Sarai A (2007) Последовательно-зависимая деформируемость ДНК изучалась с использованием моделирования молекулярной динамики. Nucl Acid Res 35: 6063
  20. 20.
    Хаган М.Ф., Диннер А.Р., Чендлер Д., Чакраборти А.К. (2003) Атомистическое понимание кинетических путей связывания и расцепления одной пары оснований в ДНК.Proc Nat Acad Sci USA 100: 13922.
  21. 21.
    Hu J, Ma A, Dinner AR (2008) Двухступенчатый механизм нуклеотид-ipping позволяет кинетически различать повреждения ДНК с помощью AGT. Proc Nat Acad Sci USA 105: 4615–4620.
  22. 22.
    Huang N, Banavali NK, MacKerell, Jr AD (2003) Облегченное белком переворачивание оснований в ДНК цитозин-5-метилтрансферазой. Proc Nat Acad Sci USA 100: 68
  23. 23.
    Лавери Р., Закжевска К., Беверидж Д., Бишоп Т.С., Дело Д.А. и др. (2010) Систематическое молекулярно-динамическое исследование эффектов ближайших соседей на ступенчатые конформации и флуктуации пар оснований и пар оснований в B-ДНК.Nucl Acid Res 38: 299.
  24. 24.
    MacKerell, Jr AD, Nilsson L (2006) Теоретические исследования нуклеиновых кислот и комплексов нуклеиновая кислота-белок с использованием CHARMM. Вычислительные исследования РНК и ДНК: 73–94.
  25. 25.
    Перес А., Луке Ф. Дж., Ороско М. (2007) Динамика b-ДНК в микросекундной шкале времени. J Am Chem Soc 129: 14739–14745.
  26. 26.
    L-Yang, Beard WA, Wilson SH, Roux B, Broyde S и др. (2002) Локальные деформации, выявленные динамическим моделированием ДНК-полимеразы [бета.с несоответствиями ДНК на конце праймера. J Mol Biol 321: 459–478.
  27. 27.
    Zahran M, Daidone I, Smith JC, Imhof P (2010) Механизм распознавания ДНК рестрикционным ферментом Eco RV. J Mol Biol 401: 415–432.
  28. 28.
    Варнаи П., Лавери Р. (2002) Основание в ДНК: пути и энергетические исследования с помощью моделирования молекулярной динамики. J Am Chem Soc 124: 7272–7273.
  29. 29.
    Cheatham TE (2004) Моделирование и моделирование структуры, динамики и взаимодействий нуклеиновых кислот.Текущее мнение в структурной биологии 14: 360–367.
  30. 30.
    Isaacs RJ, Spielmann HP (2004) Понимание распознавания несоответствия G-T с использованием молекулярной динамики с усредненными по времени ограничениями, полученными из ЯМР-спектроскопии. J Am Chem Soc 126: 583–590.
  31. 31.
    Huang N, MacKerell, Jr AD (2004) Атомистический взгляд на переворачивание оснований в ДНК. Философские труды Лондонского королевского общества. Серия A: математические, физические и инженерные науки. 362: 1439–1460.
  32. 32.Захариас М. (2006) Деформируемость малых бороздок ДНК: исследование с помощью моделирования свободной энергии молекулярной динамики. Biophys J 91: 882–891.
  33. 33.
    Priyakumar UD, MacKerell, Jr AD (2006) Переключение оснований в GCGC, содержащем додекамер ДНК: сравнительное исследование характеристик силовых полей нуклеиновых кислот, CHARMM, AMBER и BMS. J Chem Theor Comput 2: 187–200.
  34. 34.
    Curuksu J, Zakrzewska K, Zacharias M (2008) Величина и направление изгиба ДНК, вызванного ориентацией оси винта: влияние последовательности, несоответствий и базовых сайтов.Исследование нуклеиновых кислот 36: 2268.
  35. 35.
    Orozco M, Noy A, Pérez A (2008) Последние достижения в изучении гибкости нуклеиновых кислот с помощью молекулярной динамики. Текущее мнение в структурной биологии 18: 185–193.
  36. 36.
    О’Нил Л., Уист О. (2008) Зависимость последовательности при переворачивании базы: экспериментальные и вычислительные исследования. Org Biomol Chem 6: 485–492.
  37. 37.
    Lavery R, ​​Zakrzewska K, Beveridge D, Bishop TC, Case DA, et al .. (2009) Систематическое молекулярно-динамическое исследование эффектов ближайших соседей на ступенчатые конформации и флуктуации пар оснований и пар оснований в B-ДНК.Nucl Acid Res.
  38. 38.
    Banavali NK, MacKerell, Jr AD (2002) Свободная энергия и структурные пути переворота оснований в последовательности, содержащей GCGC ДНК. J Mol Biol 319: 141–160.
  39. 39.
    Бувье Б., Грубмюллер Х (2007) Исследование молекулярной динамики медленного переворота оснований в ДНК с использованием конформационного затопления. Biophys J 93: 770–786.
  40. 40.
    Priyakumar UD, MacKerell, Jr AD (2006) Вычислительные подходы для исследования переворота оснований в олигонуклеотидах.Химические обзоры 106: 489–505.
  41. 41.
    Дэниэлс Д.С., Ву Т.Т., Луу К.Х., Нолл Д.М., Кларк Н.Д. и др. (2004) Связывание ДНК и переключение нуклеотидов белком репарации ДНК человека AGT. Nat Struct Mol Biol 11: 714–720.
  42. 42.
    Szczepanowski RH, Carpenter MA, Czapinska H, ​​Zaremba M, Tamulaitis G и др. (2008) Переворот центральной пары оснований и дискриминация по PspGI. Nucl Acid Res 36: 6109.
  43. 43.
    Maiti A, Morgan M, Pozharski E, Drohat A (2008) Кристаллическая структура тиминовой ДНК-гликозилазы человека, связанная с ДНК, проясняет специфичное для последовательности распознавание несоответствия.Proc Nat Acad Sci USA 105: 88

    5.
  44. 44.
    Маити А., Морган М., Дрохат А. (2009) Роль двух строго консервативных остатков в перевороте нуклеотидов и расщеплении N-гликозилической связи ДНК тимина человека. J Biol Chem 284: 36680–36688.
  45. 45.
    Maiti A, Noon MS, MacKerrell Jr AD, Pozharski E, Drohat AC (2012) Обработка повреждений ферментом репарации сильно ограничивается остатками, необходимыми для предотвращения аберрантной активности неповрежденной ДНК. Proc Nat Acad Sci USA 109: 8091–8096.
  46. 46.
    Маити А., Дрохат А. (2011) Зависимость связывания субстрата и катализа от ph, ионной силы и температуры для тиминовой ДНК-гликозилазы: понимание распознавания и подтверждения неправильных пар g: t. Ремонт ДНК 10: 545–553.
  47. 47.
    Brooks BR, Bruccoleri RE, Olafson BD, States DJ, Swaminathan S и др. (1983) CHARMM: программа для расчета энергии макромолекул, минимизации и динамики. J Comput Chem 4: 187–217.
  48. 48.
    Wang J, Cieplak P, Kollman P (2000) Насколько хорошо модель ограниченного электростатического потенциала (соответственно) работает при вычислении конформационных энергий органических и биологических молекул? J Comput Chem 21: 1049–1074.
  49. 49.
    Перес А., Марчан И., Свозил Д., Спонер Дж., Читам III TE и др. (2007) Усовершенствование силового поля AMBER для нуклеиновых кислот: улучшение описания [альфа / [гамма]. конформеры. Biophys J 92: 3817–3829.
  50. 50.
    MacKerell, Jr AD, Banavali N, Foloppe N (2000) Разработка и текущее состояние поля силы CHARMM для нуклеиновых кислот. Биополимеры 56: 257–265.
  51. 51.
    Йоргенсен В.Л., Чандрасекхар Дж., Мадура Д.Д., Импей Р.В., Кляйн М.Л. (1983) Сравнение простых потенциальных функций для моделирования жидкой воды.J. Chem Phys 79: 926–935.
  52. 52.
    Дарден Т., Йорк Д., Педерсен Л.Г. (1993) Сетка частиц Эвальда: метод Nlog (N) для сумм Эвальда в больших системах. J. Chem Phys 98: 10089–10092.
  53. 53.
    Эванс Д. Д., Холиан Б. Л. (1985) Термостат Носа-Гувера. J. Chem Phys 83: 4069
  54. 54.
    Ryckaert JP, Ciccotti G, Berendsen HJC (1977) Численное интегрирование декартовых уравнений движения системы со связями: молекулярная динамика н-алканов. J. Comp Phys. 23: 327–341.
  55. 55.
    Darve E, Pohorille A (2001) Расчет свободной энергии с использованием средней силы. J. Chem Phys 115: 9169–9183.
  56. 56.
    Chipot C, Hénin J (2005) Изучение ландшафта свободной энергии короткого пептида с использованием средней силы. J. Chem Phys 123: 244906.
  57. 57.
    Darve E, Rodríguez-Gómez D, Pohorille A (2008) Метод адаптивной силы смещения для вычислений скалярной и векторной свободной энергии. J. Chem Phys 128: 144120.
  58. 58.
    Филлипс Дж. К., Браун Р., Ван В., Гамбарт Дж., Тайхоршид Е. и др.(2005) Масштабируемая молекулярная динамика с NAMD. J Comput Chem 26: 1781–1802.
  59. 59.
    Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, Scharf M (1995) Метод двойной кубической решетки: эффективные подходы к численному интегрированию площади поверхности и объема и точечного контурирования поверхности молекулярных сборок. J Comput Chem 16: 273–284.
  60. 60.
    Хамфри В., Далке А., Шультен К. (1996) VMD — Visual Molecular Dynamics. Журнал молекулярной графики 14: 33–38.
  61. 61.ДеЛано В.Л. (2002) Система молекулярной графики pymol. DeLano Scientific, Сан-Карлос, Калифорния, США.
  62. 62.
    Лавери Р., Скленар Х (1988) Определение обобщенных геликоидальных параметров и кривизны оси для нерегулярных нуклеиновых кислот. J Biomol Struct Dyn 6: 63–91.
  63. 63.
    Ravishanker G, Swaminathan S, Beveridge DL, Lavery R, ​​Sklenar H (1989) Конформационный и геликоидальный анализ 30 пс молекулярной динамики на двойной спирали d (CGCGAATTCGCG): «кривые».циферблаты и окна. Журнал динамики структуры биомолекул 6: 669–699.
  64. 64.
    ван дер Споэль Д., Линдаль Е., Хесс Б., Гроенхоф Г., Марк А. Е. и др. (2005) GROMACS: быстро, гибко и бесплатно. J Comput Chem 26: 1701–1718.
  65. 65.
    Мо Дж. Г., Руссу И. М. (1992) Кинетика и энергия раскрытия пары оснований в 5′-d (CGCGAATTCGCG) -3 ‘и замещенный додекамер, содержащий несоответствия G: T. Биохимия 31: 8421–8428.

Отображение метабокарты для тимина (HMDB0000262)

16

Непосредственно

8501 Пиримидин Пирим

8

49 Воздействие на здоровье

Путь воздействия:

Источник:

Биологическое местоположение:

5]

  • Schilsky RL, O’Laughlin K, Ratain MJ: Фаза I клинического и фармакологического исследования тимидина (NSC 21548) и цис-диамминедихлорплатина (II) у пациентов с запущенным раком. Cancer Res. 1986 август; 46 (8): 4184-8. [PubMed: 3731086]
  • Маскелл Р., Окубадехо О.А., Пейн Р.Х., Пид Л.: Инфекции человека бактериями, требующими тимин. J Med Microbiol. 1978 Февраль; 11 (1): 33-45. [PubMed: 621731]
  • Hofmann U, Schwab M, Seefried S, Marx C., Zanger UM, Eichelbaum M, Murdter TE: Чувствительный метод количественного определения метаболитов пиримидина в моче у здоровых взрослых с помощью газовой хроматографии и тандемной масс-спектрометрии.J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 5 июля 2003 г .; 791 (1-2): 371-80. [PubMed: 12798197]
  • Ling G, Chadwick CA, Berne B, Potten CS, Ponten J, Ponten F: Эпидермальный ответ p53 и восстановление димеров тимина в коже человека после однократной дозы ультрафиолетового излучения: эффекты фотозащиты. Acta Derm Venereol. 2001 Май; 81 (2): 81-6. [PubMed: 11501666]
  • Young AR, Sheehan JM, Chadwick CA, Potten CS: Защита ультрафиолетовыми солнцезащитными кремами A и B от дипиримидиновых фото повреждений in situ в эпидермисе человека сравнима с защитой от солнечных ожогов.J Invest Dermatol. 2000 Июль; 115 (1): 37-41. [PubMed: 10886505]
  • Maskell R, Okubadejo OA, Payne RH: тимин-требующиеся бактерии, связанные с терапией котримоксазолом. Ланцет. 17 апреля 1976 г .; 1 (7964): 834-5. [PubMed: 56651]
  • Courdavault S, Baudouin C, Sauvaigo S, Mouret S, Candeias S, Charveron M, Favier A, Cadet J, Douki T: Неотремонтированные димеры циклобутанового пиримидина не предотвращают распространение УФ-B-облученных культур человека. фибробласты. Photochem Photobiol. 2004 Февраль; 79 (2): 145-51.[PubMed: 15068027]
  • Альсарра И.А., Аларифи М.Н.: Подтвержденное жидкостной хроматографией определение 5-фторурацила в плазме крови человека. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2004 25 мая; 804 (2): 435-9. [PubMed: 15081940]
  • van Lenthe H, van Kuilenburg AB, Ito T., Bootsma AH, van Cruchten A, Wada Y, van Gennip AH: Дефекты разложения пиримидина, идентифицированные тандемной масс-спектрометрией образцов мочи с электрораспылением и ВЭЖХ. пропитанные полоски фильтровальной бумаги. Clin Chem. 2000 декабрь; 46 (12): 1916-22.[PubMed: 11106323]
  • Кастро-Гаго М., Камина Ф, Лохо С., Родригес-Сегаде С., Родригес-Нуньес А: Концентрации пуриновых нуклеотидов и пуриновых и пиримидиновых оснований в спинномозговой жидкости неврологически здоровых детей. Eur J Clin Chem Clin Biochem. 1992 ноя; 30 (11): 761-5. [PubMed: 1489848]
  • Placzek M, Gaube S, Kerkmann U, Gilbertz KP, Herzinger T, Haen E, Przybilla B: вызванное ультрафиолетом B повреждение ДНК в эпидермисе человека модифицируется антиоксидантами аскорбиновой кислотой и D-альфа-токоферолом .J Invest Dermatol. 2005 февраль; 124 (2): 304-7. [PubMed: 15675947]
  • Eells JT, Spector R: концентрации пурина и пиримидинового основания и нуклеозидов в спинномозговой жидкости и плазме человека. Neurochem Res. 1983 ноябрь; 8 (11): 1451-7. [PubMed: 6656991]
  • Thienpont LM, Van Landuyt KG, Stockl D, Saeyens W., De Keukeleire D, De Leenheer AP: Оценка 2-иминоимидазолидин-4-она и тимина как соответствующих внутренних стандартов для нормальных фаз и обращенных — фазовое высокоэффективное жидкостное хроматографическое определение креатинина в сыворотке крови человека.J Chromatogr B Biomed Appl. 1995 10 марта; 665 (1): 63-9. [PubMed: 7795802]
  • Allgayer H, Kolb M, Stuber V, Kruis W. Влияние желчных кислот на гидроксилирование оснований на модели ДНК слизистой оболочки толстой кишки человека. Обнаружение рака Пред. 2002; 26 (1): 85-9. [PubMed: 12088208]
  • Родригес Ортнер Е., Хейс Р. Б., Вайсфельд Дж., Гельманн Е. П.: Влияние полиморфизма гомеодоменного белка NKX3.1 R52C на размер предстательной железы. Урология. 2006 Февраль; 67 (2): 311-5. Epub 2006, 25 января. [PubMed: 16442598]
  • Антилл С, Тран С, Сорг О, Карро П., Дидьерджан Л., Сорат Дж. Х .: Витамин А оказывает фотозащитное действие на кожу, поглощая ультрафиолетовое излучение В.J Invest Dermatol. 2003 ноя; 121 (5): 1163-7. [PubMed: 14708621]
  • Срикумар А., Пуассон Л.М., Раджендиран Т.М., Хан А.П., Цао Кью, Ю Дж., Лаксман Б., Мехра Р., Лонигро Р.Дж., Ли Й., Ньяти М.К., Ахсан А., Кальяна-Сундарам С., Хан Б. , Cao X, Byun J, Omenn GS, Ghosh D, Pennathur S, Alexander DC, Berger A, Shuster JR, Wei JT, Varambally S, Beecher C, Chinnaiyan AM: Метаболические профили определяют потенциальную роль саркозина в прогрессировании рака простаты.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

  • Запись информации
    Версия 4.0
    Статус Обнаружено и количественно определено
    Дата создания 2005-11-16 15:48:42 UTC
    Дата обновления 2020-11-09 23:13:08 UTC
    HMDB ID HMDB0000262
    Вторичные регистрационные номера
    Идентификация метаболита
    Общее название Тимин
    Описание 908 к классу органических соединений, известных как гидроксипиримидины.Это органические соединения, содержащие гидроксильную группу, присоединенную к пиримидиновому кольцу. Пиримидин представляет собой 6-членное кольцо, состоящее из четырех атомов углерода и двух азотных центров в положениях 1 и 3 кольца. Тимин — чрезвычайно слабое основное (по существу нейтральное) соединение (на основе его pKa). Тимин существует у всех живых существ, от бактерий до людей. У человека тимин участвует в ряде ферментативных реакций. В частности, тимин и дезоксирибозо-1-фосфат могут быть биосинтезированы из тимидина посредством его взаимодействия с ферментом тимидинфосфорилазой.Кроме того, тимин можно превратить в дигидротимин; который опосредуется ферментом дигидропиримидиндегидрогеназой [nadp (+)]. Пиримидиновое азотистое основание, которое представляет собой урацил, в котором водород в положении 5 заменен метильной группой. У людей тимин участвует в нарушении обмена веществ, которое называется дефицитом умп-синтазы (оротовая ацидурия). Вне человеческого тела тимин был обнаружен, но не определен количественно в нескольких различных продуктах, таких как арахис, сухие завтраки, свекла, черная шелковица и крылатые бобы.Это может сделать тимин потенциальным биомаркером употребления этих продуктов. Тимин — потенциально токсичное соединение. Было обнаружено, что тимин у людей связан с несколькими заболеваниями, такими как лечение тимидином, глубина зондирования пародонта, колоректальный рак и заболевание височно-нижнечелюстного сустава; тимин также был связан с дефицитом бета-уреидопропионазы врожденного метаболического нарушения.
    Структура
    Синонимы

    ChEBI 2,4 (1H, 3H) -пиримидиндион
    Значение Источник
    2,4-Дигидрокси-5-метилпиримидин ChEBI
    ChEBI
    5-Метилпиримидин-2,4 (1H, 3H) -дион ChEBI
    5-Метилурацил ChEBI
    T ChEBI
    Thy ChEBI
    Тимин ChEBI
    4-гидрокси-5-метилпиримидин-2 (1H) -он HMDB
    5-метил-1,2 , 3,4-тетрагидропиримидин-2,4-дион HMDB
    5-метил-2,4-дигидроксипиримидин HMDB
    5-метилпиримидин-2,4-дион HMDB
    5 метил урацил HMDB
    Химическая формула C 5 H 6 N 2 O 2
    Средний молекулярный вес 126.1133
    Моноизотопный молекулярный вес 126.042

    6
    Название IUPAC 5-метил-1,2,3,4-тетрагидропиримидин-2,4-дион
    Традиционное название тимин
    Регистрационный номер CAS 65-71-4
    SMILES

    CC1 = ЧПУ (= O) NC1 = O

    Идентификатор InChI

    InChI = 1S / C5H6N2O2 / c1-3-2 -6-5 (9) 7-4 (3) 8 / h3H, 1h4, (h3,6,7,8,9)

    Ключ InChI RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N
    Химическая систематика
    Описание относится к классу органических соединений, известных как гидроксипиримидины.Это органические соединения, содержащие гидроксильную группу, присоединенную к пиримидиновому кольцу. Пиримидин представляет собой 6-членное кольцо, состоящее из четырех атомов углерода и двух азотных центров в положениях 1 и 3 кольца.
    Королевство Органические соединения
    Суперкласс Органогетероциклические соединения
    Класс Диазины
    Подкласс Пиримидины и пиримидиновые производные
    Альтернативные родители
    Заместители
    • Гидроксипиримидин
    • Гетероароматическое соединение
    • Азацикл
    • Органическое соединение азота
    • Органическое кислородное соединение
    • Органопниктогенное соединение
    • Производное углеводородов
    • Кислородорганическое соединение
    • Азоторганическое соединение
    • Ароматическое гетеромоноциклическое соединение
    Молекулярная структура Ароматические гетеромоноциклические соединения
    Внешние дескрипторы
    Онтология
    Физиологический эффект
    Процесс

    Естественный процесс:

    Роль

    Биологическая роль:

    Промышленное применение:

    Физическое Свойства
    Состояние Твердый
    Экспериментальные свойства
    Свойство Значение Ссылка
    Точка плавления 320 ° C Недоступно
    Точка кипения Недоступно Недоступно
    Растворимость в воде 3.82 мг / мл YALKOWSKY, SH & DANNENFELSER, RM (1992)
    LogP -0,62 HANSCH, C. ET AL. (1995)
    Прогнозируемые свойства
    Spectra

    908

    9005 2

    0000-a2d3bc738d3f9e60aeb7

    00000-0e7d9466530de47896d9

    00000-1e96fdb2525aace8b29d

    52

    00000-8c82d68e9ec8594b1fff

    00000-1e96fdb2525aace8b29d

    Spectrum Type Описание Splash Key View
    Спектр ГХ-МС — GC-EI-TOF (система Pegasus III TOF-MS, Leco; GC 6890, Agilent Technologies) (2 TMS) splash20-0bt9-0960000000-50722d1f64f22b69e207 Spectrum
    GC- МС Спектр ГХ-МС — GC-EI-TOF (система Pegasus III TOF-MS, Leco; GC 6890, Agilent Technologies) (без производных) splash20-0bta-0940000000-ff59d40c1a93e04954ab Spectrum
    GC-MS Спектр ГХ-МС — GC-EI-TOF (система Pegasus III TOF-MS, Leco; GC 6890, Agilent Technologies) (2 ТМС) splash20-05fr-7940000000-a0ebb190eba32aceac56 Spectrum
    ГХ-МС Спектр ГХ-МС — ГХ-МС (2 ТМС) splash20-0ab9-1980000000-5b95ad97f31d8176a0c6 Спектр
    ГХ-МС Спектр ГХ-МС — EI-B (Non- дериватизированный) splash20-004i-9500000000-74b6d7

    0070d30d0 Spectrum
    GC-MS GC-MS Spectrum — GC-EI-TOF (Non-Derivatized) splash20-0bt9-0960000000-50722d1f2064f
    ГХ-МС Спектр ГХ-МС — ГХ-ЭИ-TOF (без производных) splash20-0bta-0940000000-ff59d40c1a93e04954ab Спектр
    ГХ-МС Спектр ГХ-МС — GC-EI-TOF (без производных) splash20-05fr-7940000000-a0ebb190eba32aceac56 Spectrum
    GC-MS GC-MS Spectrum — GC-MS (Non-Derivatized) splash20-0ab9- 1980000000-5b95ad97f31d8176a0c6 Спектр
    ГХ-МС Спектр ГХ-МС — ГХ-ЭИ-TOF (без производных) splash20-0bta-0 Спектр
    Прогнозируемый спектр ГХ-МС Прогнозируемый спектр ГХ-МС — ГХ-МС (без производных) — 70 эВ, положительный splash 20-004i-9500000000-33bb743c9a1a77fe4e47 Спектр
    ЖХ-МС / МС Спектр ЖХ-МС / МС — Quattro_QQQ 10 В, положительный (с аннотацией) splash20-004i-0

    0000-a3779faac812139c6333

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — Quattro_QQQ 25V, Positive (Annotated) splash20-004i-0

    000012

    49cfaac8

    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — Quattro_QQQ 40V, Positive (Annotated) splash 20-0udi- Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / МС Спектр — E IB (HITACHI M-80), положительный splash 20-004i-9400000000-7ff00d5a94e12e6e1701 Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 10 В, отрицательный splash20-004i- Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 20V, Negative20 -0a6r-

    00000-34edf89b8a99493ed897

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 30 В, отрицательный splash Спектр
    ЖХ-МС / МС Спектр ЖХ-МС / МС — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 40 В, отрицательный всплеск 20-0a4i-

    00000-90f8edce6ae2b6f83457

    Спектр ЖХ-МС / МС Спектр ЖХ-МС / МС — ЖХ-Э SI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 50 В, отрицательный splash20-0a4l-

    00000-445d07aed275008cfe2d

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 10 В, положительный splash 20-056r-8

    0000-96370e30b48d3270abaa

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 20 В, положительный splash20-0bwc-9600000000-b988fb9252c409b19c33 Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 30V, Positive splash20-01q9- Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 40 В, положительный splash
    ЖХ-МС / МС ЖХ-М Спектр S / MS — LC-ESI-QQ (API3000, Applied Biosystems) 50 В, положительный splash20-0a4i-0

    0000-3a9af2cf67d3f113fa7f

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC -ESI-QTOF (UPLC Q-Tof Premier, Waters), положительный splash 20-004i-0

    0000-97549ff58b84351d860c

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QTOF (UPLC Q-Tof Premier, Waters) 30 В, положительный splash 20-01q9-7

    0000-5804e303580e1273f1a2

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QTOF (UPLC Q -Tof Premier, Waters), отрицательный splash 20-004i-0

    0000-deb5e6830bc01a0c870e

    Spectrum
    LC-MS / MS LC-MS / MS Spectrum — LC-ESI-QQ, отрицательный splash 20-004i — Спектр
    ЖХ-МС / МС Спектр ЖХ-МС / МС — ЖХ-ESI-QQ, отрицательный всплеск 20-0a6r-

    00000-34edf89b8a99493ed897

    Спектр
    Прогнозируемый ЖХ-МС / МС Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС — 10 В, положительный всплеск 20-004i-1

    0000- 7f378c898bdb1944116e

    Спектр
    Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС — 20 В, положительный брызги

    Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС — 40 В, положительный всплеск 20-0zfr-

    00000-62

    89aa512d344b2

    Спектр
    Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС Прогнозированный спектр ЖХ-МС / МС — 10 В, отрицательный всплеск20 -004i-2

    0000-878180774da717dee4ae

    Спектр
    Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС — 20 В, отрицательный всплеск 20-005c-9400000000-2bf425b661

  • 8 b12a
  • Спектр
    Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС Прогнозируемый спектр ЖХ-МС / МС — 40 В, отрицательный всплеск 20-0006-

    00000-87ca2758dbf67661c671

    Спектр
    МС Электронный масс-спектр Ионизация) splash20-056r-9400000000-5dd0bc0194a302d8ee95 Спектр
    1D ЯМР 13C ЯМР-спектр Недоступен Спектр
    1D ЯМР Спектр 1H46
    1D ЯМР 1H ЯМР спектр Недоступно Спектр
    1D ЯМР 13C ЯМР спектр Недоступно Спектр
    2D ЯМР [1H, 13C] 2D Спектр ЯМР Не доступен Спектр
    Bi ологические свойства
    Местоположение сотовой связи
    Местоположение биопробы
    • Кровь
    • Цереброспинальная жидкость (ЦСЖ)
    • Кал
    • Слюна
    • Моча
    Расположение тканей
    • Эпидермис
    • Фибробласты
    • Плацента
    • Простата
    Пути пути
    Нормальные концентрации
    90 046 Слюна
    Кровь Ожидается, но не определено количественно Не определено количественно Недоступно Нормально подробности
    Кровь Обнаружено, но не определено количественно Количественно не определено Взрослые (> 18 лет) Оба Нормальные подробности
    Цереброспинальная жидкость (CSF) Обнаружена и количественно <5.0 мкМ Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный детали
    Цереброспинальная жидкость (ЦСЖ) Обнаруженная и количественная оценка 0,0 — 0,1 мкМ Взрослые (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Кал Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определены Взрослые (> 18 лет) Оба Нормальные детали
    Кал Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Фекалии Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определены Взрослые (> 18 лет) старый) Оба Нормальный подробности
    Кал Обнаружены, но Не определено количественно Не определено количественно Взрослый (> 18 лет) Не указано Нормально детали
    Кал Обнаружено, но не определено количественно Количественно не определено Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Кал Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определены Взрослые (> 18 лет) Оба Нормальные детали
    Кал Обнаружено, но не определено количественно Количественно не определено Не указано Не указано Нормально детали
    Кал Обнаружено, но не определено количественно Количественно не определено Взрослые (> 18 лет) Оба Нормальный детали
    Выявленная и количественная оценка 5.91 +/- 11,2 мкм Взрослый (> 18 лет) Женский Нормальный подробности
    Слюна Обнаруженная и количественная оценка 1,81 +/- 2,51 мкм Взрослый (> 18 лет старый) Оба Нормальный подробности
    Слюна Обнаруженная и количественная оценка 8,82 +/- 13,15 мкм Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужчина Нормальный детали
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный детали
    Слюна Обнаружено, но Не определено количественно Не определено количественно Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный детали
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный подробности
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужчина Нормальный подробности
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужчина Нормальный детали
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) ) Наружный Нормальный детали
    Sa liva Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужчина Нормальный подробности
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Не определен количественно Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный подробности
    Слюна Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный подробности
    Слюна Выявленная и количественная оценка 2.89 +/- 4,53 мкм Взрослый (> 18 лет) Женский Нормальный подробности
    Слюна Обнаруженная и количественная оценка 3,51 +/- 3,10 мкм Взрослый (> 18 лет старый) Оба Нормальный подробности
    Слюна Обнаруженная и количественная оценка 0,655 +/- 1,44 мкм Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Моча Обнаружен, но не определен количественно Количественно не определен Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный детали
    Моча Обнаружено и количественно определено 0.10 (0,045-0,16) мкмоль / ммоль креатинин Взрослый (> 18 лет) Мужской Нормальный детали
    Моча Обнаружено и количественно определено 0,16 (0,065-0,26) мкмоль / ммоль креатинин Взрослый (> 18 лет) Женский Нормальный детали
    Моча Обнаруженный и количественный 0-9 мкмоль / ммоль креатинин Дети (1-18 лет) Оба Нормальный подробности
    Моча Обнаружено и количественно определено <0.12 мкмоль / ммоль креатинина Младенцы (0-1 год) Оба Нормальный детали
    Моча Обнаруженный и количественный анализ 0,202 мкмоль / ммоль креатинин Взрослый (> 18 лет) ) Оба Нормальный подробности
    Моча Обнаруженный и количественный 0,791 мкмоль / ммоль креатинин Взрослый (> 18 лет) Оба Нормальный подробности
    Моча Выявленная и количественная оценка 0-2 мкмоль / ммоль креатинина Новорожденный (0-30 дней) Оба Нормальный детали
    Аномальные концентрации
    Кровь Обнаружено и количественно определено 1390.0 +/- 150,0 мкМ Взрослые (> 18 лет) Обе Солидные опухоли подробности
    Цереброспинальная жидкость (ЦСЖ) Обнаружено и количественно определено 0,04 — 0,2 мкМ Взрослые ( > 18 лет) Не указано Дефицит бета-уреидопропионазы подробности
    Кал Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определены Взрослые (> 18 лет) Оба Колоректальный рак подробности
    Кал Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определены Взрослые (> 18 лет) Оба Колоректальный рак подробности
    Кал Обнаружены, но не определены количественно Количественно не определено Взрослые (> 18 лет) Оба Колоректальный рак 900 49

    подробности
    Слюна Обнаружена, но не определена количественно Количественно не определено Взрослый (> 18 лет) Мужчина Глубина пародонтального зондирования подробности
    Слюна Обнаружена и определена количественно 2.61 +/- 2,39 мкм Взрослый (> 18 лет) Оба Заболевание височно-нижнечелюстного сустава (ВНЧС) подробности
    Моча Выявлено и количественно определено 343,024 мкмоль / ммоль креатинин Взрослый (> 18 лет) Женщины Дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы (DPD) подробности
    Моча Обнаружено и количественно определено 468.0684 мкмоль / ммоль креатинина Дети (1-13 лет) Мужчины Дегидропиримидиндегидрогеназа (ДПД) дефицит подробности
    Ассоциированные расстройства и заболевания
    Болезни

    Лечение тимидином
    1. Leyva A, Schornagel JH, Kraal I, Wadman SK, Pinedo HM: Клинические и биохимические исследования лечения высокими дозами тимидина у пациентов с солидными опухолями.J Cancer Res Clin Oncol. 1984; 107 (3): 211-6. [PubMed: 6736109]
    Дефицит бета-уреидопропионазы
    1. van Kuilenburg AB, Meinsma R, Beke E, Assmann B, Ribes A, Lorente I, Busch R, Mayatepek E, Abeling NG, Cruchten A, Stroomer AE, van Lenthe H, Zoetekouw L, Kulik W., Hoffmann GF, Voit T, Wevers RA, Rutsch F, van Gennip AH: дефицит бета-уреидопропионазы: врожденная ошибка деградации пиримидина, связанная с неврологическими аномалиями.Hum Mol Genet. 2004 15 ноября; 13 (22): 2793-801. Epub 2004, 22 сентября. [PubMed: 15385443]
    Колоректальный рак
    1. Brown DG, Rao S, Weir TL, O’Malia J, Bazan M, Brown RJ, Ryan EP: Metabolomics and Metabolic сети путей от колоректального рака человека, прилегающей слизистой оболочки и стула. Cancer Metab. 2016 6 июня; 4:11. DOI: 10.1186 / s40170-016-0151-у. eCollection 2016. [PubMed: 27275383]
    2. Sinha R, Ahn J, Sampson JN, Shi J, Yu G, Xiong X, Hayes RB, Goedert JJ: Fecal Microbiota, Fecal Metabolome, and Colorectal Cancer Interrelations.PLoS One. 2016 25 марта; 11 (3): e0152126. DOI: 10.1371 / journal.pone.0152126. eCollection 2016. [PubMed: 27015276]
    3. Goedert JJ, Sampson JN, Moore SC, Xiao Q, Xiong X, Hayes RB, Ahn J, Shi J, Sinha R: Метаболомика кала: эффективность анализа и связь с колоректальным раком. Канцерогенез. 2014 сентябрь; 35 (9): 2089-96. DOI: 10,1093 / carcin / bgu131. Epub 2014 18 июля. [PubMed: 25037050]
    Заболевание височно-нижнечелюстного сустава
    1. ().Сугимото и др. (2013) Физиологические и экологические параметры, связанные с метаболомными профилями слюны на основе масс-спектрометрии. . .
    Глубина пародонтального зондирования
    1. Liebsch C, Pitchika V, Pink C, Samietz S, Kastenmuller G, Artati A, Suhre K, Adamski J, Nauck M, Volzke H, Friedrich N, Kocher T. , Holtfreter B, Pietzner M: Метаболом слюны в связи с состоянием здоровья полости рта. J Dent Res. 2019 июн; 98 (6): 642-651.DOI: 10.1177 / 0022034519842853. Epub 2019, 26 апреля. [PubMed: 31026179]
    Дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы
    1. Brockstedt M, Jakobs C, Smit LM, van Gennip AH, Berger R: новый случай дефицита дигидропиримидиновой недостаточности. J Inherit Metab Dis. 1990; 13 (1): 121-4. [PubMed: 2109146]
    2. G.Frauendienst-Egger, Фридрих К. Трефц (2017). MetaGene: Центр метаболической и генетической информации (MIC: http: // www.metagene.de). Консорциум МЕТАГЕН.
    Связанные идентификаторы OMIM
    • 613161 (дефицит бета-уреидопропионазы)
    • 114500 (Колоректальный рак)
    • 274270 (дефицит дигидропиримидиндегидрогеназы)
    Внешние ссылки
    DrugBank ID DB03462
    Идентификатор соединения Phenol Explorer Недоступно
    F1624619SA 91D 9005 9002 9005 F1624619 ID C00001511
    Chemspider ID 1103
    Идентификатор соединения KEGG C00178
    BioCyc ID THYMINE
    BiGG ID

  • 49
  • 49 Ссылка

    METLIN ID 290
    PubChem Compound 1135
    PDB ID Недоступно
    ChEBI ID 17821
    Food Biomarker доступный
    VMH ID THYM
    MarkerDB ID MDB00000127
    Ссылки
    Синтез Ссылка Zhang, Shi-Ying; Ву Да-Цзюнь; Чжан, Ян-Пин.Синтез тимина. Zhongguo Yiyao Gongye Zazhi (1999), 30 (7), 325.
    Паспорт безопасности материала (MSDS) Скачать (PDF)
    Общие ссылки
    1. Goukassian D, Gad F, Yaar M , Eller MS, Nehal US, Gilchrest BA: Механизмы и последствия возрастного снижения способности репарации ДНК. FASEB J. 2000 Июль; 14 (10): 1325-34. [PubMed: 10877825]
    2. Wassberg C, Backvall H, Diffey B, Ponten F, Berne B: усиление эпидермального ультрафиолетового ответа у кожи, постоянно подвергающейся воздействию солнца, зависит от предыдущего пребывания на солнце.Acta Derm Venereol. 2003; 83 (4): 254-61. [PubMed: 12